Finanziell war der Kanton Basel-Stadt je länger desto weniger in der Lage, die Universität allein zu tragen. Seit 1976 erbrachte der Kanton Basel-Landschaft substanzielle finanzielle Leistungen. Sie entsprachen allerdings nicht dem Anteil der Studierenden von der Landschaft, der jenen aus der Stadt zu Beginn der 1980er Jahre überholte. Institutionell-organisatorisch blieb die Universität eine Verwaltungsabteilung des Kantons Basel-Stadt und unterstand in dieser Eigenschaft einem komplizierten System staatlicher Aufsicht und Kontrolle, das vom Erziehungsdepartement über den Erziehungsrat und die Kuratel bis zur staatlich eingesetzten Koordinationskommission reichte.

Die Inneruniversitäre Siutation
Das Rektorat der Universität hatte rein repräsentative Aufgaben, wenn auch die Rektoren kraft ihres Prestiges und ihrer gesellschaftlichen Beziehungen einen darüber hinaus reichenden Einfluss auszuüben vermochten. Seit den 1980er Jahren arbeiteten der designierte, der amtierende und der ehemalige Rektor als Dreiergremium enger zusammen, was die Bedeutung des Amtes stärkte. Hauptamtlich tätig war aber weiterhin nur der Adjunkt des Rektors, der zugleich die kleine Verwaltung der Universität von kaum mehr als einem Dutzend Personen leitete. Die Universität gliederte sich in fünf Fakultäten und zahlreiche Institute und Seminare, die jedes für sich den Kontakt mit den «Oberen Behörden» pflegten, um dort ihre materiellen Interessen zu vertreten. Übergreifende Kooperationen waren selten; typisch für Basel waren eher die isoliert für sich stehenden Kleininstitute. Für verbindende, gesamtuniversitäre Anliegen fehlte jedes Organ, wenn man einmal von der Regenz absieht, der Repräsentation aller universitären «Stände», in der auch die Studierenden mit einem Anteil von 20 Prozent vertreten waren.

Die Situation der klinischen Medizin kam komplizierend hinzu, die gleichzeitig eine Dienstleistung für die öffentliche Gesundheit und einen Beitrag zu Lehre und Forschung erbrachte. Sie unterstand dem Sanitätsdepartement. Das universitäre Bauwesen unterstand dem Baudepartement. Eine transparente Universitätsrechnung, welcher in verständlicher Weise und auf einen Blick kenntlich machte, wo welche Kosten entstanden, existierte nicht. Angesichts zahlreicher verdeckter Leistungen des Kantons Basel-Stadt wusste niemand, wie viel die Universität wirklich kostete. Was die bestehenden Universitätsstrukturen betraf, urteilte der Baselbieter Regierungsrat Clemens Stöckli anlässlich einer Besprechung 1983 sehr eindeutig: «Bei einer Partizipation des Baselbiets an der Basler Uni müsste eine ganz neue Struktur geschaffen werden. Die jetzige Struktur ist mosaikartig zusammengesetzt und funktioniert so, doch möchte ich daran nicht partizipieren.»

Allgemeine Stagnation
Unübersehbar war in den 1980er Jahren ein Zug zur Stagnation. Die baselstädtische Verwaltung verfuhr mehrheitlich nach der Leitlinie, die Dinge so zu erledigen, wie sie «immer» erledigt worden waren. In der Universität selber herrschte eine gewisse Skepsis gegenüber grossen Reformvorhaben, nachdem 1980 eine Erneuerung des Universitätsgesetzes nach rund zehnjährigem Bemühen im Grossen Rat an politischen Widerständen gescheitert war. Spürbar war der ständige Finanzdruck, der in aufeinander folgenden Sparrunden auf der Universität lastete und allmählich deren guten Ruf zu schädigen drohte: Berufungsverfahren waren langwierig und blieben öfter erfolglos, die Bedingungen für Lehre und Forschung verschlechterten sich, notwendige Erweiterungen und Neuerungen verzögerten sich Jahr um Jahr.