In ihrer 550jährigen Geschichte ist die Universität immer wieder durch Phasen der Aufbrüche und Stagnationen gegangen, hat schwierige, ja existenzbedrohende Krisen erlebt und konnte mehrfach erfolgreich neu starten.

Auf die erfolgreiche Gründungsphase folgten erste Auseinandersetzungen um die Kosten, aber auch um das universitäre Modell, nach dem sich Basel ausrichten wollte. Grössere Schwierigkeiten entstanden im Vorfeld des Beitritts Basels zur Eidgenossenschaft 1501, als ein erstes Mal disktutiert wurde, ob die Universität weiter bestehen solle.

Die Reformationszeit wurde für die immer noch stark geistlich geprägte Institution Universität zu einer existentiellen Belastungsprobe. In der Folge gewann die Universität gerade auch durch ihre relative konfessionelle Offenheit an internationaler Ausstrahlung.

Das 17. und 18. Jahrhundert waren durch eine stärkere Regionalisierung, ja Familiarisierung geprägt. Während dieser beiden Jahrhunderte gab das gespannte Verhältnis der Universität gegenüber der Obrigkeit zu permanenten Diskussionen Anlass. Beide Seiten beharrten in immer neuen Reformdiskussionen auf ihren Positionen, die entsprechend ohne Erfolg blieben.

Im Zuge von Revolution und Helvetik kam es zu einer weiteren Existenzkrise, in der die Aufhebung der Institution Universität erneut zur Diskussion stand. Sie konnte 1818 zunächst durch eine Reorganisation überwunden werden, wie sie damals auch im Ausland aktuell war. Doch schon 1833 stellte die Kantonstrennung die Universität erneut vor schwierigste Herausforderungen, die nur dank des aussergewöhnlichen Einsatzes der Basler Bürgerschaft gemeistert werden konnten.

Und noch einmal wurde 1851 im Kontext von Praxisorientierung und eidgenössischer Zentralisierung eine weitere Diskussion um die Aufhebung der Universität zugunsten der Gründung einer Gewerbeschule geführt. Dies sollte die letzte allgemeine Diskussion über eine Abschaffung der gesamten Universität bis heute bleiben.

Das 20. Jahrhundert stand stärker im Zeichen des universitären Wachstums. Trotz der zunehmend schwieriger werdenden politischen Verhältnisse konnten 1937 mit dem neuen Universitätsgesetz Reformen, die schon lange in Diskussion gewesen waren, zum Abschluss gebracht werden. Beide Weltkriege stellten auch die Universität Basel vor besondere politische und gesellschaftliche Herausforderungen - eine Geschichte, die, noch immer wenig bearbeitet, sowohl von Momenten der Anpassung wie des Widerstands geprägt war. Bildungsreform und 68er Bewegung, die ganz Europa erfassten, führten auch in Basel zu Veränderungen. 

Den grössten Einschnitt in der jüngeren institutionellen Geschichte der Universität Basel brachten allerdings die Autonomiediskussionen der 80er und 90er Jahre, die 2007 schliesslich zur Doppelträgerschaft der Universität durch die Kantone Basel-Stadt und Baselland geführt haben.