Die Gründer hatten in ihren Planungen für die neue Universität auf ein grosses Einzugsgebiet mit dem vorderösterreichischen Elsass und Breisgau, dem Bistum Konstanz und der Eidgenossenschaft gehofft. Entsprechend optimistische Entwicklungsszenarien wurden für die Studentenzahlen entworfen, wenn in Planspielen von 500 oder sogar 1000 Studenten die Rede war. 

Die erfolgreiche Etablierung weiterer Universitäten im süddeutschen Raum, allen voran Freiburg und Tübingen, aber auch die politische Entwicklung machten diese Hoffnungen spätestens nach einer Generation zunichte. Mit dem formellen Beitritt Basels zur Eidgenossenschaft im Jahre 1501 verlor Basel zusehends deutsche Studenten, die sich vermehrt nach Freiburg orientierten, während umgekehrt die eidgenössischen Studierenden weiterhin auch Universitäten im Reich frequentierten, wie die Grafik deutlich macht.