Während des Basler Konzils bestand in den Jahren 1432 bis 1448 eine eigene Konzilsuniversität. Hier studierten und unterrichteten wichtige Promotoren, die später im Zuge der zweiten Universitätsgründungs-
welle im Reich für Freiburg und Basel eine wesentliche Rolle spielen sollten.

Als Initialzündung für Freiburg wie Basel hat die temporär etablierte Universität während des Basler Konzils gewirkt, die zwischen 1432 und 1440 als Konzilsuniversität und von 1440 bis 1448 als Kurienuniversität funktionierte. Für die Gründungsprojekte der beiden Universitäten Freiburg und Basel haben Graduierte und Mitglieder dieser Konzilsuniversität eine wichtige Rolle gespielt – einmal als gelehrte Räte des Habsburgers Albrecht VI., zum andern als Berater des Basler Rates. Während des Konzils waren in der Aula des Bischofs wohl bereits Promotionen durchgeführt worden. Die wichtigsten Promotoren der Basler Universitätsgründung hatten selbst an der Konzilsuniversität studiert und gelehrt. Heinrich von Beinheim promovierte hier 1437 zum Doktor der Dekretalen. Mitglieder der Kurienuniversität waren auch Peter zem Lufft, der erste Dekan der juristischen Fakultät, und Petrus Testoris. Über sie und andere bestanden Verbindungen zwischen der Universität der Konzilszeit und der neuen Gründung von 1460.

Entsprechende Verbindungen haben auch für die Gründung der Universität Freiburg eine Rolle gespielt. Verschiedene Räte Albrechts VI., dem Stifter der Universität Freiburg, waren mit Basel und der Konzilsuniversität verbunden: So unter anderem der Kanzler Peter Kotterer und Johannes Gemminger, der die Supplik für die Freiburger Universitätsgründung an den Papst überbrachte, vor allem aber auch Arnold von Rotberg. Er war von 1451 bis 1458 Bischof von Basel, Lehrer der Theologie an der Basler Konzilsuniversität und später Kanzler der Universität Freiburg. Diese deutschsprachigen Dozenten blieben wohl nach dem Ende des Konzils in Basel und versuchten in den Klöstern einen an der Konzilsuniversität orientierten Unterrichtsbetrieb aufrecht zu erhalten. Sie warteten in dieser Zeit auf die Einrichtung eines Ersatzes für die Konzilsuniversität und scheinen die Pläne für eine Universitätsgründung am Oberrhein vorangetrieben zu haben. Arnold von Rotberg trug als Bischof durch Pfründenvergabe an Doktoren der Theologie und des Kanonischen Rechts zur Existenzsicherung seiner ehemaligen Dozentenkollegen bei und Gemminger stellte die Beziehungen dieses Kreises mit Albrecht VI. her. Für die beiden oberrheinischen Universitätsgründungen Freiburg und Basel lagen demnach wichtige Voraussetzungen in der Konzils- bzw. Kurienuniversität der 1430er und 40er Jahren und es ist zudem zwischen den Promotoren beider Gründungen mit erheblichen personellen Verflechtungen zu rechnen, die in gemeinsamen Erfahrungen in dieser temporären Universität und ihrem Nachleben zu suchen sind. Parallelitäten und Gemeinsamkeiten sind damit neben der oft genannten Konkurrenz zwischen den beiden Gründungsvorgängen ebenfalls in Rechnung zu stellen.

Die zweite Gründungswelle

Weder Basel noch Freiburg standen mit ihrem Wunsch nach einer Universitätsgründung allein. Vielmehr kam es in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts zu einer ganzen Reihe von Neugründungen, die insbesondere von den jeweiligen Landesherren getragen wurden. Zentrale Motive für diese Neugründungen waren wohl neben dem landesfürstlichen Prestige, eine eigene Universität zu besitzen, auch der Wunsch, den wachsenden Bedarf nach professionell ausgebildeten Juristen für die eigene Verwaltung selbst decken zu können und die Bedeutung, die der Gründung einer Universität als frommes Werk zukam, galten diese doch als Ort, die das Licht der Weisheit nicht nur, aber eben auch im theologischen Bereich leuchten liessen.

Die fünfziger Jahre des 15. Jahrhunderts wiesen  - wie dann nochmals die siebziger Jahre - eine besondere Gründungsdichte auf. In dieser Zeit wurden die Universitäten von Greifswald (1456), Freiburg (1457/8), Basel (1459/60), Ingolstadt (1472), Trier (1473), Mainz (1477), Tübingen (1477),  Wittenberg (1502) und Frankfurt/Oder (1506) erfolgreich gegründet. Zudem kam es mit Pforzheim, Lüneburg, Regensburg und Breslau auch zu einer Reihe von Gründungsversuchen, die schliesslich scheiterten. So reichte etwa der Badische Markgraf Karl 1459 in Mantua dem Papst eine Supplik für ein Gründungsprivileg ein. Dass die von ihm geplante Universitätsgründung in Pforzheim schliesslich scheiterte, lag nicht an den mangelhaften Vorbereitungen, sondern vielmehr an den enormen finanziellen Kriegsfolgen, die die badische Niederlage in der Schlacht bei Seckenheim nach sich zogen. Auf diese Weise kam eine weitere Gründung nicht zustande, die wohl nicht ohne Einfluss auf die quantitative Entwicklung von Freiburg und Basel geblieben wäre.

Die zeitlich eng beieinander liegenden oberrheinischen Universitätsgründungen von Freiburg und Basel fanden also in einem dichten Feld paralleler Initiativen statt, die sich im Fall der beiden benachbarten Gründungen durchaus auch als Konkurrenzunternehmen wahrnahmen. Dies zeigte sich in entsprechenden Vorstössen an der päpstlichen Kurie, wo die Freiburger noch Ende 1459 mit kaiserlicher Hilfe die Ausstellung eines Stiftungsprivilegs an Basel zu verhindern versuchten. Die Basler ihrerseits versuchten, sich als Universität für den gesamten Raum am Ober- und Hochrhein auch dem österreichischen Herzog Sigismund beliebt zu machen, und stellten zugleich jegliche Konkurrenzprobleme wegen zu grosser Nähe zu anderen Universitäten in Abrede.

Die grosse Gründungsdichte führte in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts zu zwei markanten Entwicklungen. Zum einen stieg die Zahl der Universitätsbesucher insgesamt drastisch an. Sie wuchs von etwa 3'200 Immatrikulationen in Heidelberg im ersten Viertel des 15. Jahrhunderts auf 10'500 Immatrikulationen an den vier oberrheinischen Universitäten (Heidelberg, Tübingen, Freiburg und Basel) zusammen im letzten Viertel des 15. Jahrhunderts. Damit gehörten die oberrheinischen Universitäten allesamt hinter der Gruppe der grossen Universitäten (Löwen, Köln, Leipzig, Wien und Erfurt) und den mittleren Universitäten (Ingolstadt und Rostock) zur Gruppe der kleinen Universitäten. Gleichzeitig erfolgte auch eine ausgeprägte Regionalisierung. Als eine halbe Generation nach Gründung von Basel und Freiburg 1477 die Universität Tübingen mit erheblicher landesherrlicher Unterstützung eingerichtet wurde, entstand eine weitere Konkurrenz, die die Frequenzzahlen der beiden früheren Gründungen tangierte. In der ersten Generation bis 1490 hatte Basel die Konkurrenz mit Freiburg klar für sich entscheiden können. Spätestens seit dem Beitritt zur Eidgenossenschaft 1501 verlor es allerdings mehr und mehr vorderösterreichische Studenten, während Freiburg weiterhin in erheblichem Ausmass von eidgenössischen Studierenden frequentiert wurde. Damit konnte sich Freiburg in der Frequenzstatistik endgültig vor Basel schieben.

Die Planungsphase in Basel

Seit Anfang der 1450er Jahre plante Herzog Albrecht VI. eine landesfürstliche Universität in Freiburg einzurichten. Die entsprechende Supplik zur Universitätsgründung erhielt am 20. April 1455 die Zustimmung von Papst Kalixt III. Ausschreibung und Fristsetzung für eventuelle Einwände gegen die Gründung erfolgten am 17. April 1456 in der Diözese Konstanz, am 28. August 1456 erklärte Albrecht in seiner Dotationsurkunde, die Universität auch im Namen seines Bruders, Kaiser Friedrich und seines Vetters Herzog Sigmund «zu ewiger bestendigkeit und gedechtnuß» zu stiften. Und am 18. Dezember 1456 stimmte der Kaiser dem Wunsch Albrechts zu «von unser und des hawß Osterrich wegen» in Freiburg  eine Universität zu gründen. Am 21.9.1457 wurde der Stiftungsbrief Albrechts VI. mit den Statuten für die Universität, die sog. Albertina, ausgestellt. Sie wurden acht Monate später, am 14. Mai 1458, durch den Notar der Stadt in einem Festakt im Freiburger Münster feierlich verlesen. Damit war die Gründung erfolgt, auch wenn die Universität ihren Betrieb noch nicht aufgenommen hatte. Anfang Mai allerdings war Arnold von Rotberg, der Bischof von Basel und Kanzler der Universität Freiburg, gestorben. Nachdem Albrecht VI. die Vorlande im gleichen Jahr definitiv verliess, musste die Stadt Freiburg selbst eine zunehmend wichtige Rolle bei der Realisierung des Universitätsprojektes übernehmen. Im Sommer des gleichen Jahres 1458 wurde Enea Silvio Piccolomini als Pius II. zum Papst gewählt.

Die Konstellation hatte sich damit sowohl auf der bischöflichen wie auf der päpstlichen Ebene so verändert, dass weitere ehemalige Teilnehmer der Konzilsuniversität nun aktiv die Gründung einer Universität in Basel verfolgten. Es wurde eine Kommission eingesetzt, aus der später die sogenannten «Deputaten», die Beauftragten des Rates in Sachen Universität, hervor gehen sollten. Im August 1459 gratulierte der Basler Bürgermeister, Hans von Flachsland, dessen Bruder ein Vertrauter des neuen Papstes war, Pius II. in Mantua zur Wahl und brachte als einen von drei Wünschen die Stiftung einer Universität in Basel vor. Die Supplik stiess beim Papst auf Gnade und so beschloss der Basler Rat nach einer intensiven Diskussion, in der das Pro und Contra einer Universitätsgründung noch einmal erwogen wurde, am 10. Oktober 1459 eine entsprechende päpstliche Stiftungsbulle zu erwerben. Aus einer Instruktion für Flachsland wird deutlich, dass den Baslern der potentielle Interessenkonflikt zu Habsburg und dessen Freiburger Gründungsprojekt durchaus bewusst war. Doch trotz des Widerstandes aus Freiburg waren die Basler erfolgreich: Der Stiftungsbrief, mit dem Basel die päpstliche Erlaubnis zur Gründung seiner Universität erhielt, datiert auf den 12. November 1459.

Zur gleichen Zeit diskutierte der Basler Rat intensiv über grundlegende Fragen im Zusammenhang mit der neuen Institution. Zunächst standen vor allem Überlegungen zu den finanziellen Aspekten im Vordergrund. Der Rat hatte vier Gutachten von Gelehrten zur Einrichtung und Organisation der Hohen Schule eingeholt, die alle zur Gründung rieten und von Kosten zwischen etwa 600 und 3000 Gulden pro Jahr je nach Grösse und Ausstattung der neuen Institution ausgingen. So beschloss der Rat am 17. November, den Papst um die Verleihung von Pfründen mit einer Summe von insgesamt etwa 1600 Gulden für die Hohe Schule zu bitten. Tatsächlich erließ Pius II. am zweiten Weihnachtstag, 26.12.1459, eine Bulle, mit der er Pfründen in den Diözesen Konstanz, Lausanne und Basel im Umfang von knapp 900 Gulden an die Universität vergab. Deren tatsächliche Inkorporation sollte die Universität noch Jahrzehnte beschäftigen und niemals vollständig gelingen. Kurz darauf stellte der Papst am 31. 12. 1459 zwei weitere wichtige Bullen aus. Sie enthielten die Dispensation von der Residenzpflicht für Pfründeninhaber, die an der Universität Basel eingeschrieben waren, und regelten die Verwaltung dieser Freiheiten durch den Domdekan in Basel, den Dekan von St. Peter und den Abt des Klosters Himmelspforte.

Etwa zur gleichen Zeit kaufte die Stadt von Viola von Rotberg, der Schwester des verstorbenen Bischofs Arnold von Rotberg und Witwe des Oberstzunftmeisters Burkhard Zibol, den sogenannten Schalerhof am Rheinsprung für 850 Gulden  auf Ratenzahlung, um ihn als Kollegium für die Universität zu nutzen. Der umgebaute Gebäudekomplex enthielt vier Hörsäle für die Theologen und Artisten, zwei für die Juristen und einen für die Mediziner, daneben die Wohnung des Pedell, eine Aula und eine Burse mit Studentenkammern. Insgesamt investierte die Stadt laut Jahresrechnungen zwischen dem Rechnungsjahr 1458/59 und 1465/66  insgesamt knapp 2000 Gulden für die Einrichtung der Universität. Schliesslich bereitete der Rat anfangs 1460 mit dem Bischof die Eröffnungsfeierlichkeiten vor.