Die philosophisch-naturwissenschaftliche Fakultät profitierte in der jüngsten Zeit vom andauernden und stetig wachsenden Interesse an naturwissenschaftlichen Fragestellungen. Dies spiegelte sich in einem beständigen Ausbau des Lehrkörpers und wachsenden Studierendenzahlen wider. Gleichzeitig entwickelten die Fächer innovative Strukturen um auch in Zukunft eine wichtige Rolle innerhalb der Universität einzunehmen.

Einer der wichtigsten Grundsteine für die Entwicklung der Fakultät in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts war die Gründung des Biozentrums im Jahr 1971. Das damalige Ziel, die verschiedenen biologischen-naturwissenschaftlichen Bereiche unter einem Dach zu vereinigen und somit die Zusammenarbeit von Wissenschaftern unterschiedlicher Forschungsgebiete zu erleichtern, war wegweisend für zahlreiche ähnliche Projekte. Eine Basler Besonderheit war hierbei, dass sich diese Form der Kooperation nicht nur auf den Bereich der universitären Forschung beschränkte, sondern auch aktiv in die Lehre integriert wurde, insbesondere in den am Biozentrum entwickelten Studienweg Biologie II, dessen grundlegende Ideen, beispielsweise die enge Anbindung an ein Forschungsumfeld, trotz Reformen bis heute in den Bachelor- und Master-Studiengängen teilweise erhalten sind. Einer der Höhepunkte in der Geschichte des Biozentrums war die Verleihung des Medizin/Physiologie-Nobelpreises 1978 an Werner Arber für die Entdeckung der Restriktionsenzyme und ihre Anwendung in der Molekulargenetik.

Heute gliedert sich die Arbeit des Biozentrums durch das Zusammenspiel von Fokal Areas und Core Programms. Die in der Core Programms (Structural Biology and Biophysik, Genome Scale Biology and Bioinformatics) entwickelten Methoden werden in den Focal Areas (Growth and Development, Infektion Biology, Neurobiology) angefordert und angewendet. Darüber hinaus bietet das Biozentrum verschiede Service-Einrichtungen, darunter das Zentrum für Mikroskopie der Universität Basel (ZMB).

Der Computer hält Einzug
Eine andere ehemalige Abteilung des Biozentrums ist aus dem Leben der gesamten Universität heute nicht mehr wegzudenken, das Universitätsrechenzentrum (URZ). Als letzte schweizerische Universität bekam Basel 1974 ein eigenes Institut, das im Sinne eines Dienstleistungsbetriebes der gesamten Universität zur Verfügung stand. Ein Großteil der für die Naturwissenschaften benötigten Computerleistungen wurden jedoch durch die Großrechenanlage der Firma Sandoz zu «günstigen Tarifen geliefert». Mit der Zeit wurden, zunächst noch in Eigenorganisation, auch Anwenderkurse angeboten. Was das Lehrangebot an ‹wirklicher› Informatik anbetrifft, lag Basel im Vergleich mit anderen Universitäten jedoch zurück, was sich auch im Fehlen eines eigenen Informatiklehrstuhls zeigte. Dieser ‹Mangel› wurde 1985 mit dem Regierungsbeschluss zur Schaffung eines Instituts für Informatik behoben. 2002 wurde mit Mitteln der Moritz-Straus Stiftung, der FAG, dem Erneuerungsfonds aus dem Institut das Departement Informatik. Heute umfasst das Departement 5 Professuren mit über 30 Mitarbeitenden. Das URZ wurde parallel dazu zu einem zentralen Beratungs- und Kompetenzzentrum, das heute von ca 16'000 Usern in Anspruch genommen wird.

Nanowissenschaften
Ein weiterer wichtiger Arbeitsbereich der naturwissenschaftlichen Fakultät sind die Nanowissenschaften. Die Basler Physik setzte sehr früh auf die Nutzung der seit 1981 entwickelten Rastertunnelmikroskopie. Diese ermöglichte es nanometer-grosse Strukturen auf Oberflächen aufzuprägen und so Phänomene auf der Na-Skala zu untersuchen. Diese Verlagerung des Schwerpunkts verfestigte sich in den 1990er Jahren. Im Jahr 2000 fiel der Entscheid einen Nationalen Forschungsschwerpunkt (NFS) in Nanowissenschaften in Basel zu etablieren. Inzwischen ist dieser Bereich auch ein Forschungsschwerpunkt der Universität Basel. 2002 folgte ein Bachelor- und Masterstudiengang Nanowissenschaften, der interdisziplinär angelegt ist und Veranstaltungen aus Physik, Chemie und Biologie enthält. 2006 wurde das Swiss Nanoscience Institute (SNI) ins Leben gerufen, das finanziell unter anderem durch die Unterstützung des Kantons Aargau getragen wird. In den sechs Schwerpunkt Bereichen arbeiten heute ca. 200 Mitarbeitende. Ähnlich wie im Biozentrum steht auch in den Nanowissenschaften die interdisziplinäre Zusammenarbeit im Mittelpunkt.

Neue Strukturen
Die Struktur der Naturwissenschaftlichen Fakultät hat sich in den letzten 50 Jahren grundlegend geändert. Hier lassen sich umgekehrte Tendenzen wie zu Beginn des letzten Jahrhunderts erkennen. Der Trend geht weniger zur Ausdifferenzierung als vielmehr zur Wieder- oder Neuannäherung. Dies zeigt sich beispielhaft an der Entwicklung des heutigen Departements der Chemie in den 1980er Jahren. Anfang der 1980er Jahre wurde die Chemie an vier verschiedenen und eigenständigen Instituten gelehrt: Am Institut für Anorganische Chemie, an jenem für Organische Chemie, sowie am Institut für physikalische Chemie und jenem für Farbenchemie. In den folgenden Jahren wurde die «Provisorische Abteilung Chemie» gegründet, ein Pilotprojekt, dessen Vorbild die englischen und amerikanischen Departements waren. Durch verschiedene Personaländerungen konnte schließlich eine neue dauerhafte Struktur geschaffen werden, so dass im Jahre 1989 die «Provisorische Abteilung Chemie» in das Departement Chemie umgewandelt wurde.

Besondere Formen der Kooperation finden sich im Departement Umweltwissenschaften und im Schweizerischen Tropen- und Public Health Institut. Das Departement Umweltwissenschaften beherbergt sowohl das Programm Mensch, Gesellschaft, Umwelt (MGU) als auch das Institut für Natur-, Landschafts und Umweltschutz. Beide Bereiche wurden im Zuge der gesellschaftlichen Reaktion auf das für die Umwelt folgenschwere Unglück von Schweizerhalle in den 1980er Jahren gegründet. Zu den jüngsten Entwicklungen in der Geschichte gehört die Integration des Instituts für Sozial- und Präventivmedizin in das Schweizerische Tropeninstitut, die seit 2010 unter dem neuen Namen Swiss Tropical- and Public Health-Institut agieren.

Im Jahr 2010 wurden auch die beiden Departemente Informatik und Mathematik zum neuen Departement Mathematik und Informatik zusammengelegt.