Die heutige Struktur der Medizinischen Fakultät ist das Ergebnis eines fast zweihundert Jahre dauernden Prozesses der Ausdifferenzierung. Bis zur Reform der Fakultät durch das Universitätsgesetz von 1818 gab es 350 Jahre lang zunächst nur einen, später dann zwei Professoren für theoretische und praktische Medizin. 1818 wurden schließlich vier gesetzliche Lehrstühle geschaffen, die zur Jahrhundertwende bereits auf acht angestiegen waren. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts beschleunigte sich dieser Wachstumsprozess nochmals deutlich.

Die Medizinische Fakultät gliedert sich heute in neun Einheiten, deren gemeinsam Vision die Realisation eines universitär-medizinischen Zentrums ist. Partnerschaftlich getragen durch die Universität Basel und die Kantone der Nordwest-Schweiz sollen so medizinische Forschung, Lehre und Dienstleistung unter einer einheitlichen Führungs- und Entscheidungsstrukter zusammengefasst werden. Die partnerschaftliche Trägerschaft und die Aufteilung der Fakultät in Departemente gehört zu den jüngsten Entwicklungen der Medizinischen Fakultät, die für Autonomisierung und doppelte Trägerschaft der Universität eine wichtige Rolle gespielt haben. 

Die Einheiten der Medizinischen Fakultät sind die Departemente Biomedizin und Public Health, außerdem die Einheiten Zahnmedizin, Operative Medizin, Querschnittsfächer, Innerere Medizin/Neurologie, Psychiatrie, Kinderheilkunde und Spezialmedizin. Die Zahl der Professuren ist auf 120 angestiegen, davon sind 42 strukturelle Ordinariate und 64 strukturelle Extraordinariate, hinzukommen ad personam vergebene (Extra-)Ordinariate und fünf Stiftungsprofessuren. Die Zahl der Professuren in den klinischen Fächern liegt mit 86 deutlich über der Zahl der nichtklinischen Fächer (32). 

Die Forschungsschwerpunkte der Medizinsichen Fakultät, z.B. Onkologie, Immunoligie, Neurowissenschaften, Zellplastizität, Gewebereparatur, sowie Clinical Morphology und Biomedical Engineering leisten einen wichtigen Beitrag zum universitären Profilierungsbereich «Life Sciences».

Die Studierenden der Medizinischen Fakultät bilden die drittgrößte Gruppe (etwa 20%) aller Studierenden der Universität. Die meisten der knapp über 2000 Studierenden belegen Humanmedizinische Studiengänge, gefolgt von Sportwissenschaften, Zahnmedizin und Pflegewissenschaften. Frauen sind dabei leicht in der Überzahl. Auch in der medizinischen Fakultät bildete die Umstellung der Studiengänge auf das Bologna-System eine der größten Herausforderungen der letzten Jahre. 

Fakultät mit Traditionsbewusstsein
Die Medizinische Fakultät, die zu den Gründungsfakultäten gehört, hat eine lange medizinhistorische Tradition und gehört zu den besser erforschten Fakultäten der Universität, insbesondere im Hinblick auf die ältere Geschichte. Zu den wichtigen medizinhistorischen Publikationen gehört Friedrich Miescher-His «Die Medizinische Facultät in Basel und ihr Aufschwung unter F. Plater und C. Bauhin.», die anlässlich der Vierhundertjahrfeier der Universität 1860 entstanden ist, Albrecht Bruckhardts «Geschichte der Medizinischen Fakultät» von 1917 und Friedrich Rintelens «Geschichte der Medizinischen Fakultät» von 1980. Eine Besonderheit ist die Sammlung «Erzählte Erfahrung», in der Alumni der Universität Basel zu Wort kommen. Darüber hinaus existieren zahlreiche einzelne Fachportraits und kürzere Arbeiten. Diese Tradition setzt sich zum 550. Jubiläum auf dieser website fort, die zahlreiche Beiträge beinhaltet, die von den VertreterInnen der verschiedenen medizinischen Disziplinen verfasst wurden.