Am 30. Januar 1866 wurde vom Grossen Rat ein neues Universitätsgesetz beschlossen, das rückwirkend auf den 1. Januar in Kraft trat. Vor dem Hintergrund der in diesen Jahren erneut diskutierten Gründung einer eidgenössischen Universität waren 1864 auf Veranlassung des Grossen Rates Erziehungskollegium und Kuratel beauftragt worden, Massnahmen zu entwickeln, um die eigene Universität gegenüber Zürich und Bern konkurrenzfähig zu halten. Die Kuratel erarbeitete daraufhin einen Gesetzesentwurf, dessen Inhalte weitgehend auf die Anregungen Wilhelm Vischers zurückgingen, der als Ratsherr und Professor zwischen wissenschaftlichen Bedürfnissen und politischen Notwendigkeiten zu vermitteln suchte. Den Hauptmangel der eigenen Universität sah Vischer in ihrem nach wie vor bloss propädeutischen Charakter. Die nur rudimentäre Ausbildung liess die Studierenden schon auf tiefem Niveau im Stich und führte auf Seiten der Dozierenden zu wissenschaftlicher Unzufriedenheit. Entsprechend wurde in den Paragraphen 3-11 des vom Entwurf nur geringfügig abweichenden Gesetzes neben der fakultären Gliederung auch die erweiterte Zahl der Professuren an den vier Fakultäten festgelegt. Da in der Theologie verschiedene wissenschaftliche Richtungen Berücksichtigung verlangten und in einer Petition von 25 Theologiestudierenden diesbezügliche Wünsche schon im Oktober 1863 vor die Behörden gelangt waren, beschloss man eine Ausstattung der Theologischen Fakultät mit vier bis fünf statt nur drei Professuren (§ 7). Weiter wurde im neuen Gesetz die für nicht mehr ausreichend erachtete Besoldung der Ordinariate von 2000 auf 3000 Franken jährlich erhöht. Ausführliche Regelung erfuhren zudem die der Universität angehörenden Sammlungen, Bibliotheken und Anstalten.