Die Wurzeln der Theologischen Fakultät reichen in die Zeit vor der Universitätsgründung zurück. Noch bis ins 19. Jahrhundert war sie nicht nur die wichtigste, sondern auch die grösste Fakultät. Einen allmählichen Bedeutungsverlust konnte sie allerdings trotz der Berufung auf ihre Tradition nicht abwenden. Bald sah sie sich in einem Kampf um die blosse Existenz, der zu Beginn des 20. Jahrhunderts bis an den Rand der Auflösung führte.

Zu Beginn des Basler Konzils im Jahr 1432 wurde in der Stadt eine Konzilsuniversität eingerichtet. Im Zentrum stand dabei die theologische Ausbildung, an die man 1460 bei der Gründung der Theologischen Fakultät anknüpfen konnte. Es erstaunt deshalb nicht, dass die Theologie bei der Eröffnung der Universität den grössten Zudrang verbuchte. Ihre starke Position behauptete die Fakultät auch in den Wirren der Reformationszeit, als nicht nur die Theologie, sondern die Existenz der gesamten Universität auf dem Spiel stand. 

Die Basler Theologie in der Zeit der Reformation
Für ein Weiterbestehen der Universität - und damit der Theologie - setzte sich insbesondere der Basler Theologieprofessor und Reformator Johannes Oekolampad (1482-1531) ein. Seine Dienste an der städtischen Hochschule trugen ihm die Anerkennung der akademischen Kollegen und eine ehrenvolle Erwähnung in der theologischen Matrikel ein: «Der ausgezeichnete Mann, Johannes Oekolampad, hat, während die Universität durch einige Jahre sozusagen dahindämmerte, die theologische Fakultät fast durch drei Jahre vertreten und nichts unterlassen, wodurch die Akademie neu eingerichtet und in ihrem früheren Glanze wieder hergestellt werden möchte.»

Dass der Theologie unter den Fakultäten der höchste Rang gebührte, blieb auch in der nachreformatorischen Universität unbestritten; in der Universitätsordnung von 1539 wurde es sogar offiziell festgehalten: «Diewyl die Theology in der universitet die oberiste und fürnemiste profession ia auch das recht mittel ist, dadurch unss das heyl der seelen angebotten, [...].»

Zwar verfügte die Theologie in den Jahren nach der Reformation über eine im Vergleich zu den anderen Fakultäten gute Ausstattung, gross war aber auch sie nicht. Die Statuten von 1540 legten fest, dass sich die Fakultät aus allen in Basel wirkenden Doktoren der Theologie zusammensetzen sollte. Für wichtige Aufgaben wie die Examensabnahme wurden zudem die vier Hauptpfarrer der Stadt – die Pfarrer vom Münster, von St. Peter, St. Leonhard und St. Theodor – hinzugezogen. 

Die Trennung von der Kirche und der Weg zur «vernünftigen Theologie» der Aufklärung 
Im 17. Jahrhundert setzte sich eine zunehmende Trennung von städtischer Geistlichkeit und akademischer Theologie durch. Die Unterstützung durch die städtischen Pfarrer wurde abgebaut, bis man 1647 mit der Einrichtung eines dritten Lehrstuhls für Dogmatik und Kontroverstheologie («loci communes et controversiae») neue Lehrkapazitäten schuf. Dass die enge Bindung zwischen Kirche und universitärer Theologie allmählich aufbrach, zeigt sich auch daran, dass im Jahr 1737 das Amt des Antistes, des Vorstehers der reformierten Kirche der Stadt, von demjenigen eines Theologieprofessors gelöst wurde.  

Der Trennung von Kirche und Universität folgte im akademischen Bereich ein wachsender Einbezug aufklärerischen Gedankenguts. Eine bedeutende Stelle nahm im Basel des 18. Jahrhunderts die sogenannte «vernünftige Theologie» ein, die eng mit dem Namen des Theologieprofessors und zeitweiligen Rektors Samuel Werenfels (1657-1740) verbunden ist. Werenfels versuchte der rationalistischen Religionskritik der Aufklärung dadurch zu begegnen, dass er das überkommene konfessionelle Christentum dogmatisch vereinfachte und auf allgemeinere sittliche Grundwahrheiten zurückführte. 

Ziel war, die christliche Überlieferung mit den Forderungen der Vernunft in Einklang zu bringen. Eine deutliche Entfernung vom altreformierten Glauben war dabei unvermeidlich und erfolgte zuweilen in höherem Mass, als beabsichtigt war. Nicht Prädestination, sondern Perfektibilität stand nunmehr im Vordergrund. Dem Fortschrittsglauben der Aufklärung folgend, besann man sich zurück auf die antike Lehre eines unbedingt guten Kerns des Menschen, dessen Anlagen jeder einzelne im Lauf seines Lebens ausbilden sollte. Moralische Fragen der Lebensform traten in den Vordergrund, der akademische Schwerpunkt verschob sich von der Dogmatik hin zur Ethik.

Die Annäherung von Glaubenswahrheit und Vernunftglauben stand im gesamteuropäischen Kontext des 18. Jahrhunderts und seines Rationalismus. Die grossen dogmatischen Themen wichen nicht nur dem Nachweis der Vernünftigkeit christlicher Hauptdogmen, sondern auch kleinräumigeren Studien historisch-philologischer Art. Bedeutende Vertreter der neuen «vernünftigen Orthodoxie» waren in Basel die Werenfelsschüler Johann Ludwig Frey (1682-1759), seit 1737 ordentlicher Professor für Altes Testament, und Johannes Grynaeus (1705-1744), seit 1738 ordentlicher Professor für loci communes und controversiae theologicae und seit 1740 für Neues Testament. 

An die beiden befreundeten Professoren erinnert heute das Frey-Grynaeische Institut in Basel, eine Stiftung mit umfassender Gelehrtenbibliothek, der jeweils ein Theologe als Lektor vorsteht. Die Stiftung, die Werke seit den Anfängen des Buchdrucks besitzt, wurde von Frey 1747 zum Andenken an seinen früh verstorbenen Freund eingerichtet.

Theologie und positivistische Wissenschaftskultur
Auch das 19. Jahrhundert war von inneren Neuerungen der Theologie geprägt. Dabei trat der Einfluss des philosophischen Rationalismus der Aufklärung allmählich hinter das positivistische Denken der naturwissenschaftlichen und historischen Forschung zurück. Dieses leistete einer liberalen protestantischen Theologie Vorschub, die nicht nur der Vernunft, sondern auch der Empirie einen hohen Stellenwert beimass.  

Der Nachvollzug dieser europäischen Entwicklungen erfolgte in Basel allerdings recht spät. Noch als das Universitätsgesetz von 1866 nicht mehr drei, sondern fünf theologische Ordinariate gewährte, fand sich unter den vier Professoren kein einziger Vertreter reformerischer Richtung. Der «Verein für kirchliche Reform» reichte deshalb 1867 beim Kleinen Rat eine Petition ein, in der er die einseitige inhaltliche Ausrichtung der Fakultät einer deutlichen Kritik unterzog. In erster Linie wurde eine methodisch strengere Wissenschaftlichkeit gefordert, wie sie in Bern und Zürich bereits Fuss gefasst hatte. Nicht nur internationale Standards wurden in der Diskussion bemüht, sondern auch die lokalen Verhältnisse herangezogen: Ein wesentliches Argument bestand in dem Nachweis, dass die überkommene Basler Lehrtradition in einen deutlichen Widerspruch zu dem für naturwissenschaftliche Erkenntnisse zugänglichen Glauben weiter Bevölkerungsteile geraten sei.

Die Behörden reagierten positiv auf diese Einsprache. Man fürchtete, dass sich die Universität zunehmend isolieren und ihre Studenten verlieren würde, wenn die neue Richtung in Basel nicht vertreten wäre. Bei der Wahl eines fünften Ordinarius liess sich die Regierung allerdings nicht vom Reformverein beeinflussen und berief 1870 gegen dessen Willen den Privatdozenten Franz Overbeck aus Jena, der bisher vor allem mit historisch-kritischen Forschungen hervorgetreten war. Schon nach einem Jahr wurde Overbeck vom Extraordinarius zum ordentlichen Professor für Neutestamentliche Exegese und Ältere Kirchengeschichte befördert.

Die Reformer sahen sich bald in ihren Befürchtungen bestätigt, denn Overbeck schickte sich keineswegs an, ihren Erwartungen nachzukommen. Vielmehr übte er in seiner 1873 erschienenen Schrift «Ueber die Christlichkeit unserer heutigen Theologie» harsche Kritik am liberalen Protestantismus und stellte darüber hinaus die Möglichkeit einer Vermittlung zwischen Christentum und Modernität recht grundsätzlich in Frage. Dies brachte ihn in Konflikt mit seiner Aufgabe als akademischer Lehrer und Ausbildner angehender Pfarrer, was besonders deutlich in seinen «Selbstbekenntnissen» zur Geltung kommt: «Ich habe nicht gelehrt, was ich glaubte, d.h. was ich wollte, sondern was ich für zweckmässig, d.h. für meine sogen. Pflicht hielt.»

Bedeutungsverlust und drohende Schliessung
Kritik an der Theologie kam allerdings nicht nur von fachlichen Vertretern, sondern auch von äusseren Verächtern. Die Fuss fassende Empirie auf der einen Seite und die Entwicklung eines säkularisierten Naturrechts auf der anderen drängten die Theologie aus ihrer bisher unhinterfragten akademischen Vorrangstellung. Die theologischen Kontroversen wurden nicht mehr mit demselben öffentlichen Interesse verfolgt, wie dies noch im Jahrhundert zuvor der Fall gewesen war. Die aufsteigende Staatswissenschaft und das mathematisch-naturwissenschafltiche Denken konnten von der Theologie auch in Basel nicht vollends ein- und untergeordnet werden, so dass sie immer deutlicher in die Position der Verteidigung geriet.

Obwohl sich die theologische Fakultät um die Erhaltung der Universität mehrfach verdient gemacht hatte, sicherte sie sich damit nicht auf immer die Solidarität der Stadt. Als die Studierendenzahlen im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts deutlich sanken, galt die Fakultät mit ihrer nach wie vor reichen Ausstattung schnell als überkommen und antiquiert. Zur kleinsten Fakultät wurde die Theologie schliesslich im Jahr 1899. Zwar wuchs sie in den folgenden Jahrzehnten, aber deutlich weniger schnell und beständig als jede andere Fakultät. 

Die Schliessung drohte erstmals 1914, noch vor dem Ausbruch des ersten Weltkriegs. Der «Vorstoss gegen die Theologische Fakultät» wurde vom Erziehungsrat selbst eingereicht. Er forderte das Erziehungsdepartement des Kantons Basel-Stadt dazu auf, die Frage zu prüfen, ob man nicht die einer bestimmten theologischen Richtung verpflichteten Lehrstühle streichen und das Fach Theologie durch Religionswissenschaft ersetzen sollte. Die Theologen konnten diesen Vorstoss zunächst abwenden und mit Ausbruch des Krieges trat die Angelegenheit bis auf Weiteres in den Hintergrund. 

Der Vorstoss wurde allerdings nach Beendigung des Krieges wieder aufgenommen. Seit 1925 wurde der Bestand der Fakultät auch vom Grossen Rat und einer breiteren Öffentlichkeit in Frage gestellt. 

Wieder waren es politische Wirren, die den Abbruch der Debatten brachten. Der Aufstieg des Dritten Reiches und sein Kampf gegen die Kirche haben zu einer breiten Solidarisierung mit der Theologischen Fakultät und zu ihrer inneren Festigung geführt. Ein letzter Antrag auf Aufhebung der Fakultät wurde 1936 im Grossen Rat mit 70 zu 44 Stimmen abgelehnt. Zum inneren Widerstand gegen den Nationalsozialismus und zur Konsolidierung von Kirche und Fakultät trug in besonderem Mass auch Karl Barth bei, der Ende Oktober 1935 seine akademische Lehrtätigkeit in Basel aufgenommen hatte.

Das Wirken Karl Barths
Mit Karl Barth (1886-1968) wurde nach Franz Overbeck zum zweiten Mal ein prominenter Gegner des liberalen Protestantismus nach Basel berufen. Es waren im Wesentlichen zwei Hauptbeschäftigungen, mit denen er die 33 Jahre von seiner Berufung bis zu seinem Tod zubrachte. Einerseits forderten ihm die zehn Wochenstunden Lehrverpflichtung mit zunehmendem Alter zunehmend viel Zeit in der Vorbereitung ab. Zum anderen erwies sich ihm seine «Kirchliche Dogmatik» aufgrund der «nachgerade ozeanischen Produktion» immer mehr als «ein eifersüchtiger Konkurrent für alle anderen Unternehmungen».

Was Barth neben seiner unvollendet gebliebenen zwölfbändigen Dogmatik an gedruckten Publikationen geleistet hat, ist dennoch beeindruckend; was als Nachlass zurückblieb, in seiner Menge überwältigend. Nicht nur was er schrieb und wieviel, sondern auch in welch unverkennbarer Weise, von Wortwahl bis Satzstellung, trug ihm einen besonderen Platz in der Wissenschaftslandschaft des 20. Jahrhunderts ein. Für seinen eigenwilligen und in seiner Eigenwilligkeit herausragenden Stil erhielt Barth in seinem Todesjahr 1968 den «Sigmund-Freud-Preis für wissenschaftliche Prosa». 

Barths Wirken entsprach in seiner Breite der thematischen Weite seines Werks. Er prägte einerseits an der Universität bedeutende Schüler wie den später an der Freien Universität Berlin lehrenden Helmut Gollwitzer, beteiligte sich andererseits durchaus auch praktisch am Gemeindeleben mit sonntäglichen Predigten in Basler Kirchen und in seiner früheren aargauischen Pfarrgemeinde Safenwil. Vor allem aber hinterliess er mit seinen Schriften ein Erbe, das über den engeren theologischen Kreis hinaus Beachtung fand und bis heute noch findet.               

Tradition auf dem Prüfstand
Die Theologische Fakultät in Basel stand nach dem Wirken Karl Barths in hohem Ansehen. Dennoch kehrte die Notwendigkeit zur Selbsbehauptung in den folgenden Jahrzehnten wieder und die Berufung auf eine grosse Tradition genügte nicht. Angesichts einer kulturell und religiös komplexer gewordenen Umwelt und einem damit verbundenen Rückgang an Studierenden sah sich die Fakultät gezwungen, neue Wege zu gehen. Einer davon war die Umwidmung des Ordinariats für «Neues Testament und Alte Kirchengeschichte» zu einem Lehrstuhl für Religionswissenschaft, der eine Erweiterung des Angebots um ein nicht-theologisches Fach und eine engere Kooperation mit der Philosophisch-Historischen Fakultät bedeutete.