Internationale Entwicklungen und die Debatten in der nationalen Bildungspolitik haben die Universität Basel vor allem im 19. und 20. Jahrhundert stark beeinflusst. Doch auch in den Jahrhunderten davor war Basel immer wieder Fluchtpunkt neuer Strömungen und Sammelbecken für Ideen und Wissenshungrige aus aller Welt.

Seit der Gründung der Universität war die Basler Hochschule für Gelehrte und Studenten aus ganz Europa zum Anziehungspunkt geworden. Die Gründe dafür sind vielfältig: Basel bot ein europaweit geschätztes humanistisches Umfeld, seit 1532 eine reformierte Universität und auch die Lage an der Grenze zu Deutschland und Frankreich war nicht ganz unbedeutend für die Bildungsreisenden und Flüchtlinge, die in der Frühen Neuzeit und im 19. Jahrhundert durch Europa strömten.

Universitäre, städtische und internationale Interessen vermischten sich zu Beginn des 19. Jahrhunderts als zahlreiche liberale Professoren aus Deutschland flüchteten und zum Teil in Basel Lehrstühle besetzen konnten. Die Berufungen deutscher Oppositioneller brachte Basel in den Ruf, ein «Demagogennest» zu sein, die Universität und die Stadt jedoch profitierten von den Immigranten, unter denen bekannte Namen wie Wilhelm Martin de Wette, Carl Gustav Jung und - wenn auch nicht wirklich ein Exilant - Wilhelm Wackernagel waren.

Eine besondere Form der internationalen Zusammenarbeit eröffnete sich den Schweizer Universitäten in der Zwischenkriegszeit durch die Etablierung der «Commission international de cooperation intellectuelle» des Völkerbunds. Führende Intellektuelle aus zahlreichen Ländern, z. B. Albert Einstein, Marie Curie oder Thomas Mann versuchten, durch internationale Austauschprogramme die Völkerverständigung zu fördern. Ein Schwerpunkt lag auf der Förderung der geistigen Zusammenarbeit an und zwischen den Universitäten.

Später mündeten diese und andere Bemühungen in die verschiedensten Formen institutioneller Zusammenarbeit, die zum Teil auf persönlichen Beziehungen (wie beispielsweise das Virtuelle Seminar mit Tscheljabinsk), zum Teil auf politischen Entscheidungen (wie die Conföderation der Oberrheinischen Universitäten EUCOR) basiert. Dabei zeigt sich immer wieder, dass die Universität als Teil des nationalen und internationalen Hochschulsystems auf unterschiedliche Strömungen reagieren und zahlreiche Akteure integrieren kann und auch muss. Das lässt sich exemplarisch an den Diskussionen um die Gründung einer Eidgenössischen Universität im 18. und 19. Jahrhundert wie auch an der Beteiligung des Kantons Basel-Land an der Trägerschaft der Universität verfolgen.