Mit der Reformation wurde die Universität der Obrigkeit untergeordnet. Dennoch folgten Jahrzehnte des Wachstums. Zwischen 1550 und 1620 hatte die Universität Basel eine beachtliche internationale Ausstrahlung - entgegen dem allgemeinen Trend, der für die Universitäten generell eine starke Regionalisierung als Folge der Reformation mit sich brachte.

Mit der Reorganisation der Universität und dem Erlass neuer Statuten im Jahr 1532 wurde die Universität der reformierten Obrigkeit untergeordnet. Die vorreformatorischen Privilegien wurden mit keinem Wort erwähnt. Historische Kontinuität, die für das Selbstverständnis der Institution und die von ihr beanspruchte universelle Gültigkeit der von ihr verliehenen Grade so wichtig war, schien der reformierte Rat stillschweigend vermeiden zu wollen. Dagegen sah die Universität selbst weder die Statuten von 1532 noch diejenigen von 1539 als ihr eigentliches Grundgesetz an, sondern vielmehr die lateinischen Statuten von 1533, in denen das Verhältnis zum Staat praktisch unerwähnt blieb. Schon 1539 gelang es ihr, die allzu einschränkenden Bestimmungen von 1532 zu revidieren und ihre korporative Unabhängigkeit und Selbstverwaltung wieder weitgehend zurückzugewinnen; die Mitwirkung der Deputierten bei der Wahl der Professoren blieb allerdings auch künftig bestehen.

Stand das Studium an der mittelalterlichen, vorreformatorischen Universität als geistlicher Institution im Dienst an der theologisch orientierten Wissenschaft, so gewann nun die Vorbereitung auf einen praktischen Beruf an Gewicht. Die Statuten von 1539 hielten entsprechend fest, dass die Universität der Ausbildung von Pfarrern, Beamten, Richtern, Lehrern und Ärzten dienen solle. Trotzdem wurden schon bald die Studien vor allem humanistisch gemäss der historisch-philologischen Methode ausgerichtet, die konfessionellen Anforderungen dagegen eher formell erfüllt.

Die folgenden Jahrzehnte standen an der Universität Basel im Zeichen des Wachstums: Es gelang immer wieder – nicht zuletzt dank des florierenden Buchdrucks und einer vergleichsweise toleranten religiösen Haltung – international renommierte Gelehrt anzuziehen. Basel wurde allmählich zur Modeuniversität für Mediziner und Juristen und zog nach der Jahrhundertmitte zunehmend ausländische Studierende an. So hatte die Basler Universität trotz des allgemeinen Trends zur Regionalisierung, der die Universitäten als Folge der Reformation erfasste, in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts eine beachtliche internationale Ausstrahlung.

Humanismus und Empirie: zwei Faktoren der Internationalisierung
Die empirisch-praktische Ausrichtung der Medizin in der Folge von Paracelsus und Andreas Vesal begründete den internationalen Ruf der Basler Universität, die mit dieser Neuausrichtung im Bereich der deutschen Universitäten einzigartig blieb. Die Juristen verbanden das moderne, vertiefte Quellenstudium mit dem Rückgriff auf die mittelalterliche Tradition der Glossen und Kommentare. Bei den Artisten wurde grosses Gewicht auf die alten Sprachen und das Studium der klassischen Autoren gelegt – neben den aristotelischen Texten, die traditionell im Zentrum der universitären Ausbildung standen, wurden Homer, Demosthenes, Thukydides, Cicero, Livius, Cäsar etc. gelesen. Der Unterricht der Theologen wurde auf philologisch korrekte Ausgaben der Heiligen Schrift aufgebaut. Gesamthaft wurden also die Unterrichtsmethoden erneuert: das traditionelle Textdiktat wurde durch Kommentare und Erläuterungen der gedruckten Texte ergänzt, ja Oekolampad hatte seinen Vorlesungen sogar deutsche Zusammenfassungen mitgegeben, um das Verständnis zu erleichtern.

Das intellektuelle Profil der Universität wurde von Figuren wie den Juristen Bonifacius und Basileus Amerbach, den Medizinern Felix Platter und Theodor Zwinger oder Gelehrten wie Celio Secondo Curione und Sebastian Castellio bestimmt, die zur Ausstrahlung Basels durch ihren kulturellen Horizont und kritischen Geist ebenso beitrugen wie durch ihre persönlichen, weitgespannten Netzwerke und spezifische wissenschaftliche Leistungen. Andere, wie Paracelsus, Vesal oder Petrus Ramus hinterliessen einen bleibenden Eindruck, obwohl sie sich nur kurz in Basel aufhielten. Hinzu kamen Männer wie Martin Borrhaus, Sebastian Münster, Heinrich Panataleon oder Christian Wurstisen, die zur humanistisch toleranten Prägung der Universität in dieser Zeit beitrugen. Von herausragender wissenschaftlicher Bedeutung waren schliesslich gegen Ende des 16. Jahrhunderts vor allem der Anatom und Botaniker Caspar Bauhin und die Hebraistenfamilie Buxtorf.

All dies führte dazu, dass in den folgenden Jahren die Universität zunehmend Studenten anziehen konnte und die Zahl der Immatrikulationen von 18 im Jahr 1532, dem Jahr der Wiedereröffnung der Universität, auf 175 im Jahr 1580 anwuchs, als die Neueinschreibungen das Maximum für den gesamten Zeitraum vom 16. bis 18. Jahrhundert erreichten. Von den 5’600 Studenten, die sich zwischen 1532 und 1600 immatrikulierten, kamen immerhin 500 Studenten aus Frankreich, 250 aus Friesland und den Niederlanden, 150 aus Polen und Litauen, 100 aus England, 70 aus Italien und 60 aus Skandinavien.

Alumneum, Erasmusstiftung und andere Stipendien
Ein wichtige nachreformatorische Neuerung waren die Stipendien, deren Vergabe der Rat bereits am 1. April 1533 beschloss: In Zukunft sollten insgesamt vierundzwanzig Knaben aus dem Kirchengut verpflegt und unterrichtet werden. Ein Teil von ihnen wurde im «Collegium alumnorum» organisiert, das ab 1545 definitiv im ehemaligen Augustinerkloster, dem sog. Oberen Kollegium, untergebracht wurde. Ziel der Ausbildung war die Rekrutierung von Kandidaten für die Kirche oder Schule. Neben zwölf einheimischen Jungen sollten auch fremde und ausländische Kandidaten aufgenommen werden, die im «Unteren Kollegium» wohnten.

Weitere Stipendien wurden ab 1538 aus der «Erasmusstiftung» bezahlt. Sie wurde aus dem Nachlass von Erasmus von Rotterdam eingerichtet und von Bonifacius Amerbach verwaltet. Nach dem Pestjahr 1564 konnten dank Legaten von Bürgern weitere Stipendien eingerichtet werden. Unter Basilius Amerbach richtete die Erasmusstiftung schliesslich von 1562 bis 1585 insgesamt 1618 Studenten, Schüler und Gelehrte Stipendien aus, während die Universität selbst zwischen 1585 und 1600 716 Stipendien vergab. Unter den Empfängern war immer auch ein erheblicher Teil auswärtiger Studierender, viele von ihnen aus Deutschland und der Eidgenossenschaft, aber auch aus Frankreich, den Niederlanden, Österreich, England, Italien etc. Auch sie trugen zur Internationalität der Universität Basel in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts bei.

Zeichen der Konsolidierung
Hundert Jahre nach der Gründung, 1560, mehren sich die Zeichen, dass die Universität die existenzielle Krise der Reformationszeit hinter sich gelassen hat. Sie stellt ihr erstarktes Selbstbewusstsein mit neuen Bau-Investitionen ebenso zur Schau wie mit einem Glasscheibenzyklus und wählt damit ein in der Zeit ungemein beliebtes und künstlerisch durchaus ambitioniertes Genre der Selbstinszenierung. 1558 bis 1560 investiert sie in die Erneuerung der Bibliothek, die im «Unteren Kollegium» eingerichtet wird, einen eigenen Lesesaal erhält und zur Einweihung mit zehn Wappenscheiben geschmückt wird. Sie repräsentieren die Universität als Ganzes ebenso wie ihre Glieder, die Fakultäten, aber auch wichtige Persönlichkeiten wie den Juristen Amerbach oder den Mediziner Keller. 1560 wird zudem beschlossen ein Anatomietheater einzurichten und einen botanischen Garten anzulegen. So werden auch die wissenschaftlichen Akzente der Zeit im Bauprogramm manifest.

Neben Zeichen der Konsolidierung, Wachstum und internationaler Ausstrahlung kam es aber auch zu Konflikten und Misserfolgen: Isaak Keller, Professor der theoretischen Medizin, der das Amt des Dekans und Rektors bekleidet hatte, musste die Universität 1580 wegen eines Veruntreuungsskandals verlassen. Am Ende des 16. Jahrhunderts unternahm die Universität im Rat einen erneuten Vorstoss, die Privilegien von 1460 zurückzugewinnen. Emphatisch forderte der Rektor, Johann Jakob Grynäus, die Freiheit für die Universität zurück, ohne die sie nicht leben könne. Angesichts der zunehmenden Intoleranz, Bürokratisierung und der Hinwendung zur kirchlichen Orthodoxie, die sich seit den 1580er Jahren in Basel durchgesetzt hatten, erstaunt es nicht, dass dieses Projekt keinen Erfolg hatte. Konflikte um die Privilegien der Universität prägten vielmehr noch das ganz 17. Jahrhundert hindurch die Auseinandersetzungen mit der Stadt.