Vor allem das Historische Seminar arbeitet eng mit den osteuropäischen Kollegen zusammen. Häufig entwickelt sich aus den Initiativen Einzelner ein grösseres Projekt oder eine Zusammenarbeit mit anderen Institutionen in Basel, in der Schweiz oder im Ausland.

Nationale und internationale akademische Kontakte
Der Lehrstuhl für die Geschichte Osteuropas ist bemüht, nationale und internationale Vernetzungen für Forschung und Lehre fruchtbar zu machen.
Innerhalb der Schweiz hat es von Anfang an eine Absprache mit dem früher eingerichteten Lehrstuhl für Osteuropäische Geschichte an der Universität Zürich gegeben. Während in der Lehre das Fach an beiden Universitäten in voller Breite unterrichtet wird, werden in der Forschung Schwerpunkte gebildet: in Zürich in der älteren Geschichte Russlands sowie in der Geschichte Südosteuropas, in Basel in der neueren Geschichte Russlands sowie in der Geschichte Polens, Ungarns und der jüdischen Bevölkerung Osteuropas.

Zudem besteht eine Zusammenarbeit mit dem Historischen Institut Bern (Schwerpunkt Kommunismus- und Stalinismus-Forschung) und mit der Schweizerischen Osteuropabibliothek in Bern.
In der Regio veranstaltet der Basler Lehrstuhl mit dem benachbarten Lehrstuhl für Osteuropäische Geschichte der Universität Freiburg i. Br. regelmässig gemeinsame «Studientage»; ebenso werden Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler gemeinsam betreut.

Am Jahrestreffen der Schweizer Osteuropa-Institute in Basel im Juni 2002 entstand die Idee zur Gründung des «Forums Ostmittel- und Südosteuropa» (FOSE). Ziel dieses Forums ist es, NachwuchswissenschaftlerInnen aus den Forschungsbereichen Ostmittel- und Südosteuropa in der Schweiz stärker zu vernetzen und den wissenschaftlichen Austausch zu fördern. Das Forum trifft sich seit April 2003 zweimal im Jahr zu intensiven Arbeitstagungen. Das FOSE organisiert regelmässig Veranstaltungen zu aktuellen Forschungsthemen.

Neben nachhaltigen Kontakten zu verschiedenen deutschen Lehrstühlen für Osteuropäische Geschichte und zu Einrichtungen, die sich mit der Geschichte und Kultur der Juden beschäftigen (z. B. Simon Dubnow-Institut in Leipzig, Salomon Steinheim-Institut in Duisburg, Moses Mendelssohn-Zentrum in Potsdam), haben sich gute Verbindungen zu zahlreichen ausländischen Instituten herausgebildet, vor allem in Novosibirsk, Moskau und St. Petersburg, in Lemberg und Warschau, in Graz, Wien, Budapest und Szeged, in Bratislava, Belgrad und Prag.
Enge Partnerschaften bestehen zum Historischen Institut der Universität Krakau und zum Kulturwissenschaftlichen Zentrum der Universität Tscheljabinsk, die zu einem Austausch von Studierenden und Dozierenden, Exkursionen, Tagungen und Forschungsprojekten führen.
Mit Tscheljabinsk wird darüber hinaus ein regelmässiges Virtuelles Seminar veranstaltet, in dem Studierende und Dozierende gemeinsam Texte diskutieren; diesem Seminar haben sich inzwischen weitere Institute angeschlossen.

Öffentlichkeitsarbeit
Die Basler Osteuropastudien sind bestrebt, wissenschaftliche Ergebnisse einer interessierten Öffentlichkeit zu vermitteln und umgekehrt von dort Anregungen zu erhalten.
Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beteiligen sich immer wieder an Diskussionsveranstaltungen, stellen sich für schulische Projekte zur Verfügung, liefern Beiträge für Medien, führen Kurse an der Volkshochschule durch, verfassen Stellungnahmen für staatliche und nichtstaatliche Organisationen und geben Publikationen für ein breiteres Publikum heraus. Regelmässig werden sie als Experten angefragt. Gemeinsam mit der Integrationsstelle des Kantons Basel-Stadt wurde im Wintersemester 2004/05 ein Seminar zur Geschichte und Kultur der Roma in Osteuropa und in der Schweiz veranstaltet.
Als Schnittstelle zwischen den Basler Osteuropawissenschaften und der Öffentlichkeit wurde 2005 ein Freundes- und Förderkreis Osteuropa gegründet.
Ende 2008 hat er rund 180 Mitglieder. Er führt Vorträge und Podiumsdiskussionen, Filmreihen und Ausstellungen durch; in zunehmendem Masse fördert er auch Lehrveranstaltungen. Ebenso unterstützt die Stiftung für Sozialgeschichte Osteuropas die Tätigkeit des Lehrstuhls. Derzeit finanziert sie die halbe Stelle einer Wissenschaftlichen Mitarbeiterin. Ihre Aufgabe besteht darin, die Netzwerke in der Schweiz lebender revolutionärer Emigranten und Emigrantinnen aus Osteuropa zu erforschen sowie Veranstaltungen zu den Jubiläen des sozialistischen Basler Friedenskongresses von 1912 und der linkssozialistischen Konferenzen von Zimmerwald und Kiental 1915/16 vorzubereiten.
Eine Stiftung zur Förderung der ungarischen Geschichte, Kultur und Sprache befindet sich in der Gründungsphase; sie wird Mittel zur Verfügung stellen, die zur Verstetigung des derzeitigen Lehrangebotes beitragen können.
Besondere Resonanz fanden mehrere Ausstellungen – namentlich 1997 die international beachtete zum Ersten Zionistenkongress von 1897 in Basel – sowie verschiedene Exkursionen innerhalb der Schweiz, nach Krakau, nach Moskau und nach Berlin, 2009 dann eine grosse Fahrt, die nach Krakau, Lemberg, Moskau und Kazan führte.