1532 erhielt die Universität neben dem Kollegiengebäude am Rheinsprung einen zweiten Standort: das ehemalige Augustiner Kloster.

1276 liessen sich die Augustiner-Eremiten im damals bereits dicht besiedelten Gebiet zwischen der Martinsgasse und der Augustinergasse nieder. Ihr Kloster wird 1290 zum ersten Mal erwähnt. Bis 1313 erweiterten sie ihren Besitz in Richtung Münsterplatz und schufen so einen abgerundeten Klosterbezirk. Der spätmittelalterliche Gebäudekomplex umfasste einen schlanken, hohen Kirchenbau entlang der Martinsgasse, dessen polygonaler Chor in die Augustinergasse hervorragte. Rechtwinklig zur Kirche waren entlang der Augustinergasse und wieder rechtwinklig dazu Konventsgebäude angeordnet. Die Gebäude umschlossen hufeisenförmig einen Innenhof, in dem sich ein Garten und ein sprudelnder Brunnen befanden.

Im Zuge der Reformation verliessen Anfang 1528 der Prior und die verbliebenen fünf Klosterbrüder ihren Orden und verheirateten sich. Das Kloster fiel mit allem Besitz an die Stadt Basel, welche es ab 1532 der Universität zur Verfügung stellte. In der Folge wurden dort Unterrichts- und Repräsentationsräume untergebracht. Auch ein Konvikt für Stipendiaten, das sog. „Alumneum“ zog ein. Im Bezug auf das sich weiter unten am Rheinsprung befindliche (Untere) Kollegium, wurde das Augustinerkloster als „Oberes Collegium“ bezeichnet. 

Zu Beginn des 19. Jahrhunderts reichten die Bauten des Oberen Kollegiums für die Bedürfnisse der Universität nicht mehr aus. 1836 wurde Bauinspektor Amadeus Merian beauftragt, ein Raumprogramm für einen neuen Mehrzweckbau auszuarbeiten, der auch die Sammlungen und die Bibliothek der Universität aufnehmen sollte.

Das Naturhistorische Museum

Während den Plaunungsarbeiten ging jedoch der Gedanke eines Kollegiengebäudes für die Universität immer mehr verloren und der Bau eines städtischen Museums rückte in den Vordergrund. Eine Bürgerinitiative machte sich für dieses Vorhaben stark und sammelte Geld dafür. Die Universität wehrte sich nicht, sodass für sie mit der Einwihung des Museums 1849  erneut nur noch das Kollegiengebäude am Rheinsprung zur Verfügung stand.