Vom Konzil bis zur Reformation
Der Münstersaal wurde als Teil des Obergeschosses des Bischofshofes zwischen 1360 und 1380 erbaut. In seiner Anfangszeit wurde er von den Domherren als «Refektorium» gebraucht; als Speisesaal. Unter dieser Verwendung dürfte er bis zum Konzil (1431-1448) gestanden haben. Danach wurde der Saal für die Sache des Konzils genutzt; zwar nicht in erster Linie als Sitzungszimmer für das Konzil selber, sondern vielmehr als Raum für Veranstaltungen der Konzilsuniversität. Nach dem Konzil, um das Jahr 1458 herum, lässt der damalige Bischof Johann von Vennigen im Münstersaal eine Bibliothek für das Domkapitel einrichten; in diesem Zusammenhang werden auch die Fresken entstanden sein, die heute wieder zu sehen sind. Über die darauf folgende Zeit bis zur Reformation ist nicht viel bekannt - nach der Reformation wurde der Saal aber 1595-1596 neu übertüncht und die üppigen Bilder hinter einer roten Übermalung und grauen Spruchtafeln versteckt.

16. bis 21. Jahrhundert
Nach dieser Neugestaltung nutzte die Theologische Fakultät der Universität den Münstersaal als Hörsaal. Wie lange diese Nutzung andauerte, ist nicht eindeutig festzustellen. Im Zuge der Helvetischen Revolution (1798-1802) kamen die Münsterbauten als Schul- und Kirchengut in den Besitz der Stadt Basel. In dieser Zeit begann die Nutzung des Bischofshof durch die Stadtverawaltung bei Raumnot, die bis ins 20. Jahrhundert anhalten sollte. Im Jahre 1838 wurde der Münstersaal dann wieder durch die Kirche genutzt, in ihm wurden Gottesdienste abgehalten und er erhielt im Basler Volksmund den Namen «Betsaal». Immer noch im Besitz des Kantons wurde der Bischofshof aber bald wieder für verschiedenste nichtklerikale Zwecke genutzt; so zog 1879-1893 die Mittelalterliche Sammlung in den Münstersaal ein, die darauf als Grundstock ins in der Barfüsserkirche neu eröffnete Historische Museum kam. Darauf wurden die Räumlichkeiten des Gebäudes bis 1899 fürs Staatsarchiv genutzt, welches so seine aktuellen Raumprobleme zumindest vorübergehend lösen konnte.

Anfangs des 20. Jahrhunderts wechselten sich in kurzer Zeit verschiedenste Institutionen und Parteien in der Nutzung des Bischofshofs ab. Um das Jahr 1907 wurde ein Teil des Gebäudes durch das Germanisch-Romanische Seminar der Universität genutzt, für welches der Stadtrat die Anschaffung einer Lehrsaaleinrichtung guthiess. Bald musste die universitäre Einrichtung einer praktischeren Institution weichen: Das kantonale Amt für Statistik nahm spätestens ab 1916 den gesamten Bau in Anspruch. Lange blieb aber auch dieses Amt nicht dort. Die evangelisch-refomierte Kirche konnte im Jahre 1919 durch ein Tauschgeschäft den Bischofshof zurückgewinnen, so dass er seit dem Jahre 1922 wieder in kirchlichen Händen ist. Heute ist der Bischofshof Sitz der Kirchenverwaltung. Im Münstersaal finden seither Sitzungen, Chorproben, Konzerte und andere Feierlichkeiten statt.