Geboren wurde Christoph Merian am 22. Januar 1800 in Basel. Er stammte aus einer der vornehmsten Familien der Stadt. Nach seiner Schulzeit absolvierte Merian zwar eine kaufmännische Lehre, er zeigte jedoch auch ein ausgeprägtes Interesse an der Landwirtschaft und liess sich zwischen 1818 - 1821 im Landwirtschaftlichen Institut in Hofwil bei Münchenbuchsee sowie der Landwirtschaftlichen Akademie von Hohenheim bei Stuttgart zum Agronomen ausbilden. 1824 heiratete er die Industriellentochter Margaretha Burckhardt (1806-1886). Als Hochzeitsgeschenk bekamen sie von Merians Vater den ca. 56 ha umfassenden Landsitz Brüglingen mit dem Herrschaftshaus Villa Merian bei Basel, den Merian ab 1829 von einem Pächter bewirtschaften liess.

Merians ausgeprägte Frömmigkeit und seinem tief verwurzelten Standesbewusstsein entsprangen sowohl seine zurückgezogene, betont christliche Lebensweise sowie auch sein Verantwortungsbewusstsein für Arme und Bedürftige. So spendete er bereits zu Lebzeiten grosse Geldbeträge für soziale Zwecke, unter anderen auch für das städtische Spital von Basel.

Am 22. August 1858 starb Christoph Merian in Brüglingen. Das Kernstück seines Testaments bildeten die Artikel 27 und 27, mit denen er die überlebende Gattin und nach deren Tod die Stadt Basel zur Universalerbin machte. Als Margaretha Merian im Jahre 1886 starb, erbte Basel rund zwölfeinhalb Millionen Franken. Zur Verwaltung dieses Vermögens wurde die Christoph Merian Stiftung eingesetzt.