Die für das Basler Universitätsspital typische Verbindung universitärer Lehre und Forschung mit der Ausbildung im Spital ist in der heutigen Form eine Entwicklung des 19. Jahrhunderts, als das Universitätsstudium zur Voraussetzung für die Ausübung des Ärzteberufs wurde. Vom Universitätsspital spricht man offiziell gar erst seit dem 21. Jahrhundert.

Zwar gehörte die Medizinische Fakultät seit der Gründung zu den vier Fakultäten der Universität Basel, die Lehre war jedoch zunächst eine Büchergelehrsamkeit: Man las die klassischen Schriften des Galen und Hippokrates im Original, während die ärztliche Versorgung der Bevölkerung, die Behandlung von Patienten und Patientinnen den Wundärzten, Steinschneidern und Starstechern überlassen wurde, die keine universitäre Ausbildung hatten.

Das Spital bot bedürftigen Patienten und Patientinnen Unterkunft und Pflege, aber kaum ärztliche Behandlung. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts versuchte der in Basel als Stadtarzt tätige Felix Platter den sogenannten «Klinischen Unterricht» am Bürgerspital einzuführen. Die Studenten sollten nun regelmässig an privaten Krankenbesuchen teilnehmen, die Medizinische Fakultät förderte diese Neuerung. Das Bürgerspital wurde für kurze Zeit zu einem wichtigen Ausbildungsort für den praktischen Unterricht der Medizinischen Fakultät. Das Interesse an dieser Art der Ausbildung erlahmte aber bald wieder.

Seit dem 19. Jahrhundert wurde die experimentelle Forschung zunehmend zur Grundlage der Medizin, die Medizin wurde zur Naturwissenschaft und das Universitätsstudium der einzige Zugang zum Ärzteberuf. Für die klinische Ausbildung erlangten nun die Spitäler wieder Bedeutung: 1865 wurde in Basel ein «Klinikvertrag» zwischen den Bürgerspital und der Universität geschlossen, der das Spital verpflichtete Ausbildung und Forschung zu fördern, den Kanton hingegen verantwortlich für die Kreditsprechung und den Ausbau des Spitals machte: Das Bürgerspital wurde zum Kantonsspital, auch wenn es noch weiterhin als Bürgerspital bezeichnet wurde. Die offizielle Bezeichnung Universitätsspital trägt das Spital seit 2004.