Während über 400 Jahren waren die Bücher der Universität in Gebäuden untergebracht, die auch anderen Zwecken dienten oder gedient hatten. Bis zum Einzug von 1896 in den eigenen Bau hatten die Bücherbestände der Universität manchen Standortwechsel erfahren. Anfangs war auch keineswegs klar, was eine «Universitätsbibliothek» sei. 

Erster fassbarer Aufbewahrungsort war eine libraria im Brabeuterium im Unteren Kollegium. 1671-1849 stand das Haus «Zur Mücke» zur Verfügung. Es war allerdings auch noch in jüngerer Zeit nur zwei Stunden pro Woche geöffnet. Dieser Ort wurde Ende der 1820er Jahre als zu eng empfunden. 1849 kam die Bibliothek zusammen mit den anderen Sammlungen in den eben errichteten Museumsbau und blieb dort bis 1896.

1896 erhielt die Bibliothek schliesslich ein eigenes Gebäude, den von Emanuel La Roche entworfenen grossen Prachtsbau auf dem Areal des ehemaligen Spalengottesackers. Bereits vor dem Zweiten Weltkrieg plante man einen weiteren Neubau, dessen Realisierung dann auf unbestimmte Zeit verschoben wurde. Als Ersatzlösung beschloss der Grosse Rat die Unterkellerung des Büchermagazins und weitere Umnutzungen. In den Jahren 1959-1965 wurden dann aber die Neubaupläne umgesetzt und es entstand in mehreren Bauetappen der von Otto Senn entworfene Neubau. Dabei musste das repräsentative und charakteristische Eingangskuppelgebäude dem sachlich gestalteten Neubau weichen.

Der Bücherbestand war in den Jahren zwischen 1849 und 1896 von rund 70'000 auf 200'000 Bücher angewachsen. Der heutige Bestand liegt bei etwa 3,5 Millionen Einheiten. Auch die neue Bibliothek wäre heute längst zu klein, wären nicht grosse Bestände an anderen Orten untergebracht worden: die Medizinbibliothek im Zentrum für Lehre und Forschung (ZLF), die Bibliothek des Wirtschaftswissenschaftlichen Zentrum (WWZ) und des Schweizerischen Wirtschaftsarchivs im Jacob Burckhardt-Haus am Bahnhof, sowie die grosse Bibliothek der Phil II Fakultät im Biozentrum.