Das Stachelschützenhaus beherbergte in seiner fast 450jährigen Geschichte mit den städtischen Armbrustschützen zunächst eher wenig akademisches Personal. Im 18. Jahrhundert wurde es zur akademischen Sammlung umfunktioniert und wurde schließlich zum Sitz der hygienischen Anstalt und des Insituts für Mikrobiologie.

Erbaut 1546 zuerst für die städtischen Stachelschützen (Armbrustschützen), die dem Gebäude den Namen gaben, wurde das Stachelschützenhaus 1709 und 1729 um den Südflügel für ein «physikalisches laboratorio» erweitert, in welchem Bernoulli seine Experimente durchführte. Nach diversen Nutzungen wurde 1893 das Labor des Kantonschemikers integriert, und bald darauf die Hygienische Anstalt. Ein Um- und Anbau fand 1966 statt, mit der Angliederung neuer Laborflächen auf der Seite des Botanischen Gartens. Das Stachelschützenhaus am Petersplatz, gegenüber dem Kollegiengebäude, beherbergte die neu gegründete Hygienischen Anstalt kurz vor der Schaffung des ersten Ordinariats 1894 (Prof. A. Burckhardt).

In den 1980er Jahren entsprach die Infrastruktur nicht mehr modernen Standards. Umbau der historischen Bausubstanz oder abwarten auf das damals angedachte phil-II Gebäude, das spätere Pharmazentrum, dies war die Frage. Man entschied sich für die erste Lösung. Ein dringlicher Planungskredit wurde gesprochen, sowie ein Betrag von Fr. 1'395’000.- wurde als «gebundene Ausgabe» 1988 ins kantonale Budget aufgenommen um eine aufwendige, mehrstufige und mehrjährige Renovation in Angriff zu nehmen. 1989 gewährte der Grosse Rat einen zusätzlichen Kredit von Fr. 1'500'000.- und nach einer bewilligten Kostenüberschreitung von 30% kam die bauliche Umsetzung schliesslich auf stattliche Fr. 5'200'000.- zu stehen. Äusserlich unverändert, wurde das Haus innerlich auf den modernsten technischen Stand gebracht und entsprach den zum Teil neuen Vorschriften zum Arbeiten mit pathogenen Organismen wie auch mit Gentechnik.

Moderne Forschungslaboratorien wurden geschaffen, ein BL3-Sicherheitslabor erlaubte das Arbeiten mit HIV und anderen hoch-pathogenen Erregern, Kühl-, Wärme- und Geräteräume mit Anlagen für flüssigen Stickstoff, CO2 und Hausvakuum sowie ein klimatisierter Dachraum für Versuchstiere standen zur Verfügung. Am 28. November 1990, nach dreijähriger Bauzeit, luden die beiden Regierungsräte E. Keller (Baudepartement) und H.R. Striebel (Erziehungsdepartement) zur Eröffnungsfeier im neuen Seminar- und Bibliothekenraum ein. «Es vermutet wohl kaum jemand» sagte der Baudirektor in seiner Ansprache, «hinter den alterwürdigen Fassaden ein Forschungsinstitut mit modernst eingerichteten Arbeitsräumen, wenn er/sie das Stachelschützenhaus vom Petersplatz her betrachtet». Er war zufrieden mit dem geschaffenen Kompromiss, war doch der Einbau moderner Infrastruktur in historische Bausubstanz eine grosse Herausforderung für die Fachleute vom Bau. Der neue Institutsvorsteher sprach bei seinem Dank auch die Hoffnung aus, man möge bald den alten Kursraum ersetzen, was zunächst aus Kostengründen nicht möglich war. Dieser Wunsch konnte in einer späteren Bauetappe umgesetzt werden, die Praktikas wurde in den modernen Kurssaal am Institut für Pathologie ausquartiert und der Kursraum der gesteigerten Nachfrage von Dienstleistungen entsprechend der Diagnostik zugeteilt.