Zum zweihundersten Jahrestag der Gründung der Universität wurde in Basel am 4. April 1660 erstmals in bescheidenem Rahmen eine Jubiläumsfeier durchgeführt.

Am Mittwoch, den 4. April 1660, fand morgens um 7 Uhr der Festgottesdienst im Münster statt. Nach dem Zug der Professoren in die Kirche folgte eine Predigt, eine Festansprache des Rektors im Saal der Theologen, ein Festessen im «Prytaneum» und Promotionen und akademische Übungen in den verschiedenen Fakultäten. Die Festpredigt und die Festrede erschienen im Anschluss an die Feierlichkeiten im Druck. Damit waren die zentralen Elemente gefunden, die in den nächsten Jahrhunderten die Jubiläumsfeierlichkeiten der Universität prägen sollten. 

Die Regenz hatte erst am 19. Dezember 1659 über die Möglichkeit diskutiert, eine «Solennitas Saecularis» auszurichten «nach dem Gebrauch anderer Universitaeten in Teutschland zu des Großen Gottes Ehre und unserer Academie zierde», wie es im Protokoll heisst. Man beschloss, dass der Rektor  über «Ursprung und Wachsthum» der Universität reden und im Münster eine Predigt gehalten werden solle.

Die näheren Umstände der Feierlichkeiten wurden sogar erst am 3. und 28. März 1660 besprochen und eine Liste der Einzuladenden angefertigt. Sie umfasste neben den Professoren von den städtischen Honoratioren die Herren Häupter, also Bürgermeister und Oberstzunftmeister, die Deputaten, also die für die Universität zuständigen städtischen Verwalter, die Dreizehner, den Ratsschreiber und weitere Ratsherren. Von den fremden Studenten an der Basler Universität wurden die Grafen eingeladen, dazu die Pfarrer und Diakone aus der Stadt und die Dekane der Basler Landschaft, zudem alle Basler Graduierten, die Lehrer des Gymnasiums, der Jusstudent, der im Konsistorium saß, der Universitätsnotar und der akademische Buchdrucker, sowie der Oberstknecht. Die erste Jubiläumsfeier war also noch ganz auf die lokale Gesellschaft ausgerichtet.

Zu dieser lokalen Gesellschaft stand die Universität seit längerem in einem gespannten Verhältnis. Spätestens seit der Rat 1657 ausdrücklich erklärt hatte, dass die 1460 verliehenen Privilegien mit der Statutenerneuerung der Reformation im Jahre 1532 hinfällig geworden seien, gab es einen offenen Konflikt: Die alte Exemption der Universitätsangehörigen von der weltlichen Gewalt – und das hiess nicht nur eine eigene Gerichtsbarkeit, sondern auch Steuer- und Abgabenfreiheit – wurde explizit für nichtig erklärt. Als der Priviliegienstreit 1668 definitiv zuungunsten der Universität entschieden wurde, kritisierten die Deputierten sogar, ein guter Teil der Akademiker sei im Wahn begriffen, der Universität mehr zu Gehorsam verpflichtet zu sein als dem Rat und fühle sich an die obrigkeitlichen Erkanntnisse nicht gebunden. Ob die sogenannten Häupter wegen dieser Spannungen nicht am Festessen teilnahmen, ist unbekannt. Der Rektor jedenfalls dankte in seiner zweieinhalbstündigen Festrede der Obrigkeit vorbehaltlos und ohne jede Anspielung. Indem er einen ausführlichen Überblick über die Geschichte der Universität gab, begründete er auch in diesem Punkt eine Tradition, die spätere Jubiläen weiterführen sollten.

Am Sonntag nach dem Jubiläumsakt, der an einem Mittwoch stattgefunden hatte, predigte Lukas Gernler, der zugleich Theologieprofessor, Antistes  und Rektor war, noch einmal zum Thema «Von Hohenschulen/was davon zu halten». Er versuchte so der Bevölkerung eindringlich den Nutzen einer Universität vor Augen zu führen und auf die Ängste der Universität vor merkantiler Enge aufmerksam zu machen. Anscheinend ohne durchschlagenden Erfolg, wie die weitere Geschichte des Privilegienstreits ebenso zeigt wie die wachsende Entfremdung von Stadt und Universität im 18. Jahrhundert.