Das 300-Jahr-Jubiläum feierten Universität und Stadt trotz der strukturellen Probleme, mit denen sich die Universität in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts konfrontiert sah, recht aufwändig.

Im Sommer 1759 hatte sich die Regenz zum ersten Mal mit der dritten Säkularfeier beschäftigt und ein Komitee zusammen gestellt, das ein Projekt ausgearbeitet. Es  regelte in 19 Kapiteln den Gesamtverlauf des Festes und wurde am 8. Oktober von der Regenz gut geheissen und der Festtag auf den 15. April festgelegt.  Das Jubiläum sollte mit «Declamationen, Orationen solennen Promotionen und Disputationen», die das Jubiläum verherrlichten, begangen werden. Angesichts des angespannten Verhältnisses von Universität und Rat legten die Akademiker Wert darauf, massgeblich die Festorganisation zu verantworten und den Rat nur an der Ausführung – beim Festzug ins Münster, der Parade, dem folgenden Bankett - zu beteiligen. Der Rat beschloss sich an den Kooten zu beteiligen, der Universität, wie schon hundert Jahre zuvor, einen Pokal mit Inschrift zu verehren und zwei Gedenkmünzen schlagen zu lassen.

Festordnung - Rangordnung - Sicherheit
Die Liste der Einzuladenden beschäftige die Universität intensiv. Besonderes Aufsehen erregte die Teilnahme dreier Reichsgrafen Pelecki von Scheck aus Ungarn, die zu dieser Zeit in Basel immatrikuliert waren. Unerwartet liess der Bischof von Basel und Kanzler der Universität mitteilen, er erwarte ebenfalls eingeladen zu werden; eine Erwartung, der die Regenz schliesslich nicht Folge leistete. Detailliert wurde auch die Verteilung der Gedenkmünzen geregelt.

Ein weiteres Thema, das die Aufmerksamkeit auf sich zog, war die Sicherheit während des Festes, befürchtete der Rat doch «ein schlimmes Gesindlein» könnte in die Stadt kommen und liess entsprechende Kontrollen durchführen. Die Landbevölkerung sollte die Dörfer nicht verlassen, Alban-, Steinen- und Bläsitor sollten während des Festaktes geschlossen bleiben. Schliesslich standen 620 Mann aus der Bürgerschaft und von der Landschaft im Einsatz, teilweise zu Bewachungsaufgaben, teilweise zum Spalierstehen während des Festumzuges.

Wegen Fragen der Rangordnung blieb Bürgermeister Samuel Merian der Feier fern – er wollte den ersten Rang nicht dem Rektor überlassen. Schliesslich nahm von den vier Häuptern nur Oberstzunftmeister Johann Rudolf Fäsch teil.

Die Feierlichkeiten
Am Festtag selbst (15. April)  versammelten sich die  324 Teilnehmer um 8 Uhr im oberen Collegium zum Zug ins Münster. Hier fand begleitet von Festmusik das zeitraubende Programm statt:  Antistes Hans Rudolf Merian hielt eine Jubelpredigt auf die Universität «von ihrem Ursprung, von ihrem Nutzen und von dem, so diesen befördern könne». Darauf folgte die mehrstündige, lateinisch gehaltene Jubelrede des Rektors, die ihrerseits ausführlich auf die Vorzüge und auf die Geschichte der Universität Basel einging und um halb zwei Uhr nachmittags endete. Erst jetzt setzte sich die Festgesellschaft zum Unteren Collegium in Bewegung, wo im «auditorium philosophicum» der Rat den Jubiläumsbecher gefüllt mit den Festmedaillen an die Universität übergab. Schliesslich fand das Festessen (Convivium) mit 100 Gästen im Konzertsaal des Oberen Collegium statt, während gleichzeitig weitere Festessen über die Stadt verteilt abgehalten wurden. Der Tag endete schliesslich mit einer Serenade und Nachtmusik und einem Feuerwerk auf der Pfalz.

Verschiedene Teilnehmer äusserten sich nachträglich sehr zufrieden über den würdevollen Ablauf der Feierlichkeiten. Der Jubiläumsanlass hatte die Universität 700 Pfund, den Rat mehr als 2600 Pfund gekostet (inkl. Sicherheitsausgaben, Kosten für die Musik und die Gedenkmünzen). Der Rektor verfasste einen Festbericht für das Archiv und die Jubelpredigt, die auf Deutsch übersetzte Jubelrede, die Festansprachen und die Kantaten wurden gedruckt. Und Christian von Mechel schickte aus Paris einen Erinnerungskupferstich mit einer allegorischen Darstellung von Pallas und der Freiheit vor einem Obelisken mit dem Bildnis Pius’ II.