Abteilung Zellbiologie

• Markus Affolter: Zell-Zell Wechselwirkungen in der Entwicklung von Mehrzelligen Organismen
• Silvia Arber: Neuronale Netzwerkbildung im Rückenmark
• Walter J. Gehring: Wie Masterkontrollgene die Entwicklung und Evolution steuern
• Walter Keller: Prozessierung und Editierung von messenger RNA Vorläufermolekülen

Abteilung Strukturbiologie

• Ueli Aebi: Der Kernporenkomplex, das Zellskelett und Amyloidfibrillen
• Andreas Engel: Struktur und Funktion von Membranproteinen
• Stephan Grzesiek: Struktur und Wechselwirkung von wassergelösten, biologische Makromolekülen mittels Kernspinresonanz
• Olga Mayans: Kristallstrukturanalyse von Proteinen des Zellkerns
• Tilman Schirmer: Kristallstrukturanalyse von bakteriellen Membrantransportproteinen

Abteilung Molekulare Mikrobiologie

• Tom Bickle: Wirkungsweise von Restriktions- und Modifikationssystemen
• Guy Cornelis: Translokation und Wirkungsmechanismen bakteriellerToxine
• Christoph Dehio: Zelluläre Wechselwirkungen während der Infektion von Wirtszellen bakterieller Erreger
• Urs Jenal: Zellzyklus und Differenzierung einzelliger Mikroorganismen
• Peter Phillipsen: Genomforschung von filamentösen Pilzen
• Charles Thompson: Differenzierung und Antibiotikaresistenz in mehrzelligen Mikroorganismen

Abteilung Biochemie

• Michael N. Hall: Signalübertragung und Zellwachstumskontrolle
• Natasha Kraili: Wirkung von Steroidhormonen
• Howard Riezmann: Membranverkehr in Hefe
• Martin Spiess: Intrazelluläres Sortieren von Membranproteinen

Abteilung Biophysikalische Chemie

• Jürgen Engel: Struktur, Funktion und Stabilität von Proteinen der extrazellulären Matrix
• Thomas Kiefhaber: Mechanismus der Faltung und Falschfaltung von Proteinen
• Anna Seelig: Wechselwirkungen von Arzneimitteln, Peptiden und Proteinen der Membran
• Joachim Seelig: Thermodynamik von Peptid/Membran Wechselwirkungen: Magnetische Kernresonanzuntersuchungen in vivo

Abteilung Pharmakologie/Neurobiologie

• Hans-Peter Hauri: Proteinsekretion in Säugetierzellen
• Karl Hofbauer: Neue therapeutische Konzepte für metabolische Risikofaktoren
• Andreas Lüthi: Zelluläre Neurophysiologie der Emotion
• Anita Lüthi: Schrittmacherprozesse in neuronalen Rhythmen währen Schlaf und Epilepsie
• Urs A. Meyer: Molekulare Mechanismen der unterschiedlichen Reaktionen von Menschen auf Arzneimittel
• Markus Rüegg: Molekulare Mechanismen der Synapsenbildung
• Dieter Walz: Thermodynamik und Kinetik der Energieumwandlung
• Thomas Meier: Erforschung und Entwicklung neuer Therapien zur Behandlung von neuromuskulären Erkrankungen und Muskelschwund

Interdepatementale Elektronenmikroskopie

• Neben den Abteilungen gab es 2001 noch eine Interdepartementale Elektronenmikroskopie, geleitet von Markus Dürrenberger und ein Proteinchemielabor, geleitet von Paul Jenö.