Die Pharmazie gehört zu den ältesten akademischen Disziplinen. Trotzdem war der Beruf des Apothekers lange reines Handwerk. Nach einer Lehr- und Gehilfenzeit leistete der werdende Apotheker im 13. Jahrhundert einen Apothekereid. Ab 1460 wurden einzelne Vorlesungen an der Universität Basel in Botanik und Medizin Apothekern zugänglich. Erstmals 1776 wurde in Basel die «ars pharmaceutica», die Pharmazie, als eigenständiges Fach gelehrt, in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts erweiterte sich das Spektrum der Fächer um Arzneimittellehre, Pharmazeutische Chemie, Pharmakognosie und Geschichte der Pharmazie.

Anfangs 20. Jahrhundert wurden zusätzlich die Fächer Hygiene, Bakteriologie, chemische Harnanalyse und pharmakognostische Mikroskopie gelehrt. Die pharmazeutische Abteilung war im Institut für Chemie untergebracht, der praktische Unterricht fand in Laboratorien in Apotheken und in der Poliklinik statt.

Die Pharmazie zieht ins Haus zum Sessel
1917 wurde Prof. Dr. Karl Heinrich Zörnig ordentlicher Professor der Pharmazie und gründete mit dem Einzug ins Haus zum Sessel am Totengässlein 3 das Pharmazeutische Institut Basel. Darin waren zu dieser Zeit zehn Studierende und erste Anfänge einer Sammlung und einer Bibliothek untergebracht. Mit dem Unterricht praktischer Pharmazie übernahm das Institut schon in seinen Anfängen eine europaweite Vorreiterrolle.

1924 wurde das Gebäude des ehemaligen Mägdeheims dem Institut angegliedert, es entstanden zusätzliche Laboratorien und im ersten Stock das Pharmazie-Historische Museum in Form einer ersten Ausstellung der Sammlung. Ausserdem wurde eine Pharmazie-Historische Abteilung gegründet. In den 30er Jahren redete man von einer «Überfüllung» des Apothekerberufs, das SAV-Sekretariat empfahl, das Institut in Basel vorübergehend zu schliessen. 1938 ging Professor Zörnig in den Ruhestand und Tadeus Reichstein nahm (bis 1953) seinen Platz ein. Unter Reichsteins Führung bekam das Pharmazeutische Institut Basel einen internationalen Ruf. Viele Publikationen aus Basel fanden grosse Aufmerksamkeit und Beziehungen ins Ausland wurden geknüpft. So fand 1949 auch die Tagung der Internationalen Gesellschaft für Geschichte der Pharmazie in Basel statt. In der 50er Jahren kamen vermehrt Studenten aus dem Ausland ans Pharmazeutische Institut Basel. Das Pharmaziestudium wurde schon bald von Frauen dominiert.

Erweiterungspläne
Anfangs der 60er Jahre entstanden erste Bedenken wegen Platzmangels. Ein Um- und Erweiterungsbau wurde beantragt. Prof. Dr. Meyer, damals Leiter des Pharmazeutischen Instituts Basel, schrieb 1964, nach zwei Jahren des Wartens auf die Bewilligung für einen Kredit in dieser Angelegenheit, dass es «noch kein eigentliches Institut für Pharmazeutische Chemie gibt. Dieses Fach ist mit anderen Disziplinen der Pharmazie in jahrhundertalten, verwinkelten, unzweckmässigen und für die Insassen gefährlichen Räumen untergebracht»

Zu dieser Zeit existierten schon Pläne für einen Phil.II-Neubau, dessen erste Komponente, das Biozentrum, 1971 realisiert wurde. Das Pharmazentrum, ein allfälliger Anbau an das Biozentrum, war die grosse Hoffnung der Pharmazeuten. 1972 plante man die Schliessung des Pharmazeutischen Instituts Basel auf das Jahr 1976, mit der Begründung, dass für die Schweiz ein Angebot des Studiengangs Pharmazie an zwei Universitäten (ETH Zürich und Genf) ausreiche. Dank des Standortvorteils (Präsenz der pharmazeutischen Industrie in Basel) wurde dieser Plan nach Jahren des Zweifels wieder verworfen.

Seit den 60er Jahren und bis in die 90er Jahre hat man einige Veranstaltungen vom Institutsgelände ausgelagert (z.B. in den Botanischen Garten in Brüglingen, ins Gymnasium Bäumlihof und in die Labors des Gewässerschutzamtes in Kleinhüningen). Auch war die Anzahl der Arbeitsplätze sehr beschränkt. Als das Pharmazeutische Institut in Bern 1996 geschlossen wurde und sich die Pharmaziestudenten vermehrt auf Zürich und Basel verteilten, wurde das Kapazitätsproblem in Basel noch akuter.

Ende 1994 bewilligte die Bundesrätin Ruth Dreifuss einen Subventionskredit von 18 Millionen für den Neubau des Pharmazentrums (anliegend ans Biozentrum), der 1996 in Angriff genommen wurde. Im Jahr 2000 wurde schliesslich das Pharmazentrum eingeweiht. Heute umfasst das Departement Pharmazeutische Wissenschaften fünf Professuren und über 60 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.