Der Münstersaal ist eine der Geburtsstätten der Universität.

Oberhalb des Kreuzganges des Basler Münsters gelegen, kann er als erster Universitätssaal bezeichnet werden. Er wurde im Zuge der Errichtung des Obergeschosses des Bischofshofes in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts erbaut. Anfänglich diente der Raum den Domherren als Refektorium (Speisesaal), wahrscheinlich bis zur Gründung des Konzils 1431. Während des Konzils, also vor der eigentlichen Universitätsgründung, wurde eine Universität für Konzilsteilnehmer errichtet, mit den Ziel ihnen angemessene Bildungsmöglichkeiten zu bieten. Diese Konzils- und Kurienuniversität, die von 1432 - 1448 bestand, nutzte den Münstersaal für Doktorpromotionen und andere Feierlichkeiten. Um 1458 wurde der Münstersaal in einen Bibliothekssaal umgewandelt, dessen Regalflächen noch heute erkennbar sind. Oberhalb dieser Regalflächen sind Freskenmalereien angebracht, die die Vertreter verschiedener wissenschftlicher Disziplinen zeigen: an der zum Münsterplatz gerichteten Wand sind der Arzt Galienus und der griechische Philosoph Aristoteles zu sehen, an der Fensterfront sind von den fünf Rundbildern vier noch erkennbar; sie zeigen den Juristen Nicolaus Tudeschi, Kaiser Sigismund Schirmherr des Konzils, Papst Pius II. (evtl. auch Papst Felix V.) und Thomas von Aquin, den Kirchenlehrer.

Am Nachmittag des 3. April 1460, dem Vortag der offiziellen Eröffnungsfeier im Münster, wurde die Stiftungsbulle von Papst Pius II. im Bischofshof von Abgeordneten des Stadtrates an Bischof Johann von Venningen übergeben, der als Kanzler der Universität die Eröffnungsfeier leitete.

Ob der Münstersaal direkt mit der Gründung der Stadtuniversität 1460 seine Funktion als Festsaal zurückerhielt ist nicht bekannt; eine direkte Nutzung des Münstersaals durch die
Universität ist allerdings kurz nach der Reformation wieder belegt. Es gibt also neben personellen Kontinuität - die stärksten Befürworter der Gründung einer Stadtuniversität waren bereits Amtsträger der Konzils- und Kurienuniversität - mit dem Münstersaal auch eine räumliche Kontinuität zwischen Konzils- und Stadtuniversität.