Platzmangel im von zahlreichen anderen Sammlungen genutzten Museum an der Augustinergasse liess in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts den Wunsch nach einer neuen Bibliothek in einem eigenen Gebäude immer größer werden.

Die Regierung erteilte den Auftrag für die Planung eines Neubaus im Herbst 1890 an das Baudepartement. Zunächst war der Neubau auf dem Areal des alten Zeughauses geplant, dort wo knapp 50 Jahre später dann da Kollegienhaus seinen Platz finden sollte. Schließlich entschied sich jedoch eine Kommission mit den wichtigsten Repräsentanten der Hochschule für den Vorschlag des Vorstehers des Erziehungsdepartements, Dr. Richard Zutt, und wählte das Areal des 1868 ausgehobenen Gottesacker beim Spalentor als künftigen Standort. Wenige Jahre zuvor waren in direkter Nachbarschaft zwei weitere Repräsentationsbauten der Universität entstanden: das Bernoullianum und das Vesalianum.

Kantonsbaumeister Heinrich Reese entwarf Planskizzen für den Neubau. Dann jedoch wurde ein öffentliches Ausschreibungsverfahren beschlossen, das Preisgericht prämierte vier Entwürfe, die allerdings von der Bibliothekskommission wegen unzureichender Verbindung des Mitteltrakts mit den Magazinflügeln abgelehnt wurden. Schliesslich wurde der Architekt Emauel La Roche (1863 - 1922) von der Regierung mit der Ausarbeitung der Detailpläne für den Bibliothekneubau beauftragt. La Roche hatte sich bisher eher mit plastischen Arbeiten und dem Bau eines Wohnhauses einen Namen gemacht.

Rund die Hälfte der Baukosten, 400'000 Franken (heute ca. 17,8 Mio.), waren von der in mit ihrem 50 Jahr-Jubiläum von 1885 erstarkten Freiwillige Akademische Gesellschaft beigesteuert worden.

Die mit dem Dies academicus von 1896 zusammengelegte Einweihung wurde festlich begangen. Wie Jubiläen, sind auch Gebäudeeinweihungen geeignet Rückschau zu halten, Bilanz zu ziehen und Zukunftsvorstellungen zu entwickeln. Die Einweihungsfeier schien auch darum geeignet die Verbundenheit zwischen Bürgerschaft und Universität zum Ausdruck zu bringen, weil die Bibliothek nicht nur den Universitätsangehörigen, sondern auch der Bevölkerung zur Verfügung stehen sollte. 

So bewegte sich der akademische Festzug zu den Klängen der Stadtmusik von der Martinskirche den Rheinsprung hinab, über den Blumenrain, Petersgraben, Hebelstrasse bis hin zur neuen Universitätsbibliothek. Vor der neuen Universitätsbibliothek übereichte der Architekt Emanuel La Roche dem offiziellen Vertreter und Sprecher der Regierung, Dr. Ernst Brenner, die Schlüssel. Andreas Heusler lieferte eine Basler Bibliotheksgeschichte und forderte anschliessend die Bürger und Bürgerinnen auf, die neue Universitätsbibliothek eifrig zu nutzen. Danach führte er die Anwesenden durch die Bibliothek. Das Festbankett im Musiksaal dauerte bis 17 Uhr nachmittags. Am Ende des feierlichen Tages unterstützten alle Anwesenden den Appell des Regierungsrats Iselin, dass weitere Anstrengungen für die Basler Universität zu tätigen seien.