Die Gründung der Stiftung MGU war nicht nur für die Universität selbst wichtig. Auch hier zeigt sich die zunehmende Bedeutung der interkantonalen Zusammenarbeit in den 1980er Jahren. Ohne die Unterstützung des Kantons Basel-Landschaft hätte der Plan kaum realisiert werden können.

Es gilt an dieser Stelle heraus zu streichen, was später in manchen Diskussionen vergessen ging: MGU ist nicht von aussen der Universität aufgedrängt worden, sondern auf der Grundlage eines eher basisdemokratischen Prozesses im Rahmen der Universität konzipiert worden. Angesichts von veranschlagten 2.3 Mio. CHF war dabei vorweg klar, dass eine Umsetzung von der Finanzierbarkeit abhing. Das Rektorat gelangte mit den Anliegen des Berichts an die Oberen Behörden des Kantons Basel-Stadt. Das Erziehungsdepartement zog Dr. Willy Bierter, Stiftung für Zukunftsgestaltung «Syntropie», als externen Experten bei. Bierter legte anfangs 1989 einen Bericht vor, der die Vorschläge aus der Universität in den Grundzügen belässt, diese jedoch hinsichtlich Budget und Ausgestaltung eines MGU Programms konkretisiert. Damit hatte das Projekt MGU greifbare Gestalt angenommen.

Die entscheidende Unterstützung für das Projekt kam dann von unerwarteter Seite. Peter Schmid, Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft griff die Idee auf und setzte sich unter anderem mit dem Argument, dass der Auslöser des Projekts MGU, die «Schweizerhalle», auf dem Boden des Kantons Basel-Landschaft liege, für deren Realisierung ein. Am 29. August 1989 erklärte sich der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft grundsätzlich bereit die Finanzierung zu übernehmen, unter der Bedingung, dass die Projektorganisation vereinfacht und soweit als möglich in die bestehenden Universitätsstrukturen integriert werde. Dazu hielt er fest, dass 16 Millionen Franken als Stiftungsvermögen in eine neu zu gründende Stiftung des Kantons Basel-Landschaft eingebracht werden sollten. Mit Schreiben von Regierungsrat Hans-Rudolf Striebel an Regierungsrat Peter Schmid vom 4. Oktober 1989 nahm Basel-Stadt das Angebot des Nachbarkantons an.

Nach diesen Grundsatzentscheidungen nahmen die für die Gründung der Stiftung MGU seitens der Universität Basel zu ergreifenden Schritte etwas mehr als ein Jahr in Anspruch. In der Regenzsitzung vom 13. Dezember 1989 wurde eine feste 18 Personen umfassende paritätische Regenzkommission MGU mit Studierenden, Assistierenden und Dozierenden aus allen sechs Fakultäten gewählt. Präsidiert wurde die Kommission von Prof. Jürgen von Ungern-Sternberg. Das Rektorat unterbreitete sodann am 19. Januar 1990 dem Erziehungsrat Basel-Stadt den Vorschlag für eine gestraffte Projektorganisation und trug damit dem Verlangen von Basel-Landschaft nach klaren Entscheidungsstrukturen Rechnung. Als Verbindungsglied zu den Fakultäten sollte allein die Regenzkommission MGU in Zusammenarbeit mit der Koordinationsstelle MGU zuständig sein, für Forschungsvorhaben zudem eine Expertenkommission MGU von international anerkannten Wissenschafterinnen und Wissenschaftern. Über die von diesen beiden Gremien gestellten Anträge über Angebote und Projekte in Lehre und Forschung sowie der Wahl der Mitglieder der Koordinationsstelle sollte der Stiftungsrat MGU abschliessend entscheiden. Mit dieser gestrafften Organisation liessen sich, so die Erwartung, auch neue, einfachere Entscheidungsstrukturen für die Universität erproben. Das Erziehungsdepartement Basel-Stadt stimmte diesem Vorschlag innert einer Woche zu und leitete den Bericht des Rektorats nach Liestal weiter. Die basellandschaftliche Erziehungs- und Kulturdirektion erarbeitete daraufhin zusammen mit der Regenzkommission MGU eine Stiftungsurkunde aus.

Am 25. September 1990 beantragte der basellandschaftliche Regierungsrat dem Landrat die Errichtung der Stiftung Mensch-Gesellschaft-Umwelt (MGU) mit Sitz in Liestal, wozu ein Stiftungskapital von 16 Mio. Franken unter dem Vorbehalt des fakultativen Finanzreferendums bewilligt werden sollte. Der Regierungsrat stellte dabei klar, dass die Stiftung nicht nur mit den Erträgen, sondern auch mit dem Stiftungskapital arbeiten wird, da das Stiftungsprogramm als selbständige Institution nach spätestens 10 Jahren in die Universität Basel eingegliedert werden sollte. In der landrätlichen Bildungskommission, unter der Leitung seines Präsidenten, Landrat Fritz Graf, stiess der Antrag bei den Vertretern aller Parteien auf Zustimmung. Mit 13 gegen 0 Stimmen, empfahl die vorberatende Kommission dem Landrat, der partnerschaftlichen Initiative der Baselbieter Regierung zuzustimmen. Am 13. Dezember 1990 hat der Landrat mit grossem Mehr die Gründung der Stiftung MGU und den beantragten Kredit von 16 Mio. Franken gebilligt. Somit konnte nach Ablauf der Referendumsfrist die Stiftung errichtet werden.