Bis heute beherbergt das Bernoullianum Institute der Universität 

Bis heute beherbergt das Bernoullianum das geologisch-paläontologische und das mineralogisch-petrographische Institut. Im August 2002 ist das geographische Institut, in ein neues Gebäude an der Klingelbergstrasse Nummer 27 umgezogen. Das Institut für Umweltgeowissenschaften ist im zweiten und dritten Obergeschoss des Bernoullianums untergebracht. Im dritten Stock befinden sich ausserdem die Räume der angewandten Umweltgeologie. Das ägyptologische Seminar belegt Räumlichkeiten im zweiten Obergeschoss.

Noch immer wird der grosse Hörsaal hauptsächlich für Vorlesungen und Klausuren genutzt. Allerdings finden dort auch heute noch öffentliche, akademische Veranstaltungen statt. Bis auf wenige technische Neuerungen wurde die Einrichtung seit den sechziger Jahren nicht verändert. Allerdings verfügen inzwischen fast alle Sitzplätze über Schreibklappen. Im Jahr 2003 wurde im Saal sogar ein Theaterstück aufgeführt. Das Stück ‹Wolfsjunge› für hörende und gehörlose Schauspieler wurde vom Basler Theater zusammen mit dem luzernertheater und DAKIWA productioNet realisiert.
Die Grünanlage hinter dem Bernoullianum wirkt heute oft verlassen, vielleicht bedingt durch den Lärm des dichten Verkehrs auf der Klingelbergstrasse. Bei schönem Wetter verbringen Studenten ihre Pause dort. 1962 wurde auf dem Areal die Skultptur ‹Trucking› des Künstlers Alfred Wymann aufgestellt.

Vor der grossen Freitreppe hat die Skulptur ‹Ruhende› ihren Platz gefunden. Diese wurde 1925 von Jacob Probst für die Steinenschanzanlage geschaffen und durch den Staatlichen Kunstkredit ermöglicht. Die Steinplastik ist von zwei Zedern flankiert, die 2008 ersetzt werden mussten.

Für die nächsten zehn Jahre sind keine wesentliche Nutzungsänderungen für das Bernoullianum vorgesehen. Dann werden die Umweltweltwissenschaften aus dem Gebäude ausziehen und die frei werdenden Räumlichkeiten neu belegt.