Nach dreijähriger Bauzeit fand am 2. Juni 1874 die feierliche Eröffnung des Bernoullianums statt.

Die Kommission der Freiwilligen Akademischen Gesellschaft (FAG) lud aus diesem Anlass die Mitglieder des Kleinen Rates, des Stadtrates, des Erziehungskollegiums, der Universitätskuratel und der FAG ein. Weiterhin eingeladen waren die Professoren und Dozenten der Universität, die Subskribenten für eine Sternwarte, der Vorstand der Gemeinnützigen Gesellschaft, die Kommission für populäre Vorträge und die Lehrer der öffentlichen Schulen. Ebenfalls anwesend waren die Familie Bernoulli, sowie Studierende der Universität Basel. Unter den auswärtigen Gästen befanden sich u.a. Emil Kopp, Professor für Physik und Chemie aus Zürich und der Geologe Professor Bernhard Studer aus Bern. Die Festlichkeiten umfassten eine akademischen Feier, die im grossen Hörsaal des Bernoullianums abgehalten wurde, und ein Festessen im Stadtcasino.

Der akademische Teil der Feier begann um halb elf Uhr morgens und wurde mit einer Festrede des Mathematikers Prof. Fritz Burckhardt eröffnet. Dann folgte die offizielle Übergabe der neuen Anstalt für Physik, Chemie und Astronomie an den Staat. Der Präsident der Freiwilligen Akademischen Gesellschaft, Ratsherr Karl Burckhardt, überreichte dem Rektor der Universität, Professor Moritz Heyne, den Schlüssel des Bernoullianums zusammen mit einer Urkunde. Die Urkunde besiegelte den Übergang des Bernoullianums in Universitätsgut und enthielt auch einen Passus, in dem sich die FAG dazu verpflichtete für die noch fehlende Ausrüstung der astronomischen Anstalt aufzukommen. Es wurde auch explizit festgehalten, dass das Gebäude die gleiche rechtliche Stellung wie das Universitätsgebäude, das Museum und der botanische Garten erhalten sollte. Der erste Teil der Feierlichkeiten wurde mit einem Rundgang durch die neue Anstalt abgeschlossen.
Nach dem Festessen, für das ein Beitrag von jeweils 6 Franken zu zahlen war und bei dem neben Salm und Kalbs-Fricandeau auch erlesene Weine gereicht wurden, veranstaltete die Studentenschaft der FAG einen Fackelzug zu Ehren der Einweihung des Bernoullianums. Stellvertretend für alle Studierenden sprach stud. phil. Hans Heussler der akademischen Gesellschaft seinen Dank aus, den Professor Eduard Hagenbach in Vertretung der FAG entgegennahm. Danach versammelte man sich zu einem festlichen Commers im Schweizerhaus.