Das neue Universitätsgesetz von 1866 bestätigte den Bestand der drei juristischen Professuren und gewährte zudem jeder die volle Entlöhnung. Die Zuwendungen der Freien Akademischen Gesellschaft ermöglichten in der Folge die Einrichtung einer vierten Professur. Es war dies ein wichtiger Schritt, um die bloss propädeutische Funktion, die das vorangegangene Universitätsgesetz vorgesehen hatte, allmählich zu überwinden.     

Grund für die 1864 einsetzenden Bemühungen um ein neues Universitätsgesetz war ein Ungenügen an dem Vorbildungscharakter, der nicht allein der Juristischen Fakultät anhaftete. Für sie wie für die Medizinische Fakultät war die propädeutische Beschränkung seit den 30er Jahren gesetzlich festgelegt. Die Theologische und die Philosophische Fakultät waren zwar nicht de iure, aufgrund der knappen Mittel allerdings de facto ebenfalls kaum mehr als vorbereitende Anstalten. Das 1866 erfolgte Zugeständnis dreier voll entlöhnter gesetzlicher Ordinariate stellte für die Juristen eine bedeutende Verbesserung gegenüber dem Zustand zur Zeit der Kantonstrennung dar. Spürbare Wirkung hatte aber erst die daran anschliessende Erweiterung, welche die gesetzlichen Bestimmungen übertraf. Den Anlass dazu lieferte Johannes Schnell, der das vaterländische Recht vertrat. Er stellte die Hälfte seines erhöhten Gehalts zur Verfügung, um eine zusätzliche halbe Professur im Bereich des öffentlichen Rechts einzurichten. Dieser vierte, nicht-gesetzliche Lehrstuhl, der in der Folge dem Strafrecht gewidmet wurde, konnte über Zuschüsse der FAG zu einer vollen Besoldung aufgewertet werden. 

Bundesstaat und Staatsrecht
Im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts wurde an anderen Fakultäten ein weiterer Ausbau des Lehrkörpers unternommen. 1891 verfügte die Philosophische Fakultät über dreizehn, die Theologische über fünf und die Medizinische über sieben Lehrstühle. Die Beobachtung dieses Wachstums veranlasste die Juristische Fakultät, erneut auf eine Lücke in ihrem Angebot hinzuweisen und beim Grossen Rat deren Schliessung zu beantragen. Die Bedeutung der verschiedenen Disziplinen des öffentlichen Rechts, insbesondere aber des Staatsrechts, hatte seit der Gründung des Bundesstaates zugenommen und bedurfte eines separaten Vertreters. Am 9. November 1891 gab der Grosse Rat dem Antrag statt und zu den Professuren des römischen, deutschen, vaterländischen sowie des Strafrechts trat neu eine für öffentliches Recht hinzu, auf der besonders Staatsrecht gelehrt wurde.     

Basel und die eidgenössische Hochschule für Rechts- und Staatswissenschaft
Die Gründung des Bundesstaates und die seither stattfindende Entwicklung des Bundesrechts hatten in den Jahren um 1890 auf eidgenössischer Ebene Pläne entstehen lassen, die für die Juristische Fakultät eine erhebliche Bedrohung bedeuteten: Nachdem sich die Ideen um eine eidgenössische Universität bereits zerstreut hatten und ein eidgenössisches Polytechnikum verwirklicht worden war, entwickelte sich eine Diskussion über die Einrichtung einer eidgenössischen Centralhochschule für Rechts- und Staatswissenschaft. 

Diesem Projekt stellte sich Andreas Heusler, Sohn des gleichnamigen Rechtsprofessors, entschieden entgegen. Seit 1863 ordentlicher Professor für deutsches Recht und inzwischen prominentestes Mitglied der Basler Fakultät, wurde er mit einer Stellungnahme beauftragt, die er im Namen und Interesse der Basler Fakultät auszuarbeiten hatte. Darin argumentierte er dafür, dass eine zentralisierte Juristenschule nicht nur für die juristischen Fakultäten, sondern für die kantonalen Universitäten insgesamt eine Bedrohung darstelle. Denn dass die juristischen Fakultäten sich neben einer eidgenösssischen Schule nicht halten könnten, sei gewiss; ebenso aber, dass die Universitäten an Leben einbüssten, wo sie um einen wichtigen Zweig beschnitten würden. Da dies der Bildung im Land abträglich sei, bestünde der wahre patriotische Gedanke nicht in der Gründung einer eidgenössischen Rechtsschule, sondern in der Förderung der kantonalen Anstalten. 

Die Pläne um die Errichtung einer gesamtschweizerischen Hochschule für Rechts- und Staatswissenschaft nahmen in der Folge keine konkreten Formen an und verschwanden gegen Ende des Jahrhunderts vollständig aus der politischen Diskussion. Die gestärkte Position, welche die Juristische Fakultät in Basel mit der Überwindung ihres propädeutischen Charakters gewonnen hatte, stand damit ausser Gefahr.