Zunehmende fachliche Spezialisierung und neue medizinische Diagnose- und Behandlungsverfahren haben das Bild der Medizinischen Fakultät verwandelt und neu geprägt. Hinzu kommt in jüngster Zeit eine Erweiterung des Spektrums um Pflege und Medizinethische Fragestellungen.

Die Entwicklung des medizinischen Alltags in den letzten 60 Jahren wird bei einem Blick auf die Geräte besonders deutlich. Noch vor knapp 50 Jahren arbeiteten Kardiologen nur mit Stetoskop und EKG. Der erste Computertomograph auf dem europäischen Festland kam 1973 nach Basel. Der hierzu notwendige Sonderkredit wurde innerhalb nur weniger Wochen von Regierung und Grossem Rat bewilligt. Das für 1.25 Mio sFr. erworbene Geräte war ausschliesslich für Hirnuntersuchungen geeignet und benötige pro aufgenommene Doppelschicht 4.5 Min. Messzeit und dann nochmals 7.5  Min. für die Bildrekonstruktion. Elektronenmikroskopie war bereits seit 1956 eine allgemeine Einrichtung des Zentrallabors der Universität gewesen; 1975 konnte das Anatomische Insitut erste Transmissionselektronenmikroskope erwerben, 1980 folgte dann ein Raster-Elektronenmikroskop und 1998 ein weiteres Transmissions-Elektronenmikroskop mit digitaler Bildspeicherung. 

Darüber hinaus entwickelten sich auch die Operationsverfahren. Die Organtransplantation erlebte in den 1960er Jahren einen Aufschwung, nachdem der Problematik des Abstossungsphänomens durch medikamentöse Immunsuppression entgegnet werden konnte. Das Spektrum der chirurgischen Behandlungsmöglichkeiten wurde immer grösser und kann heute den Bedürfnissen des Patienten individuell angepasst werden. In den 1970er Jahren wurde eine der wesentlichen Innovationen in der Behandlung des Mammakarzinoms etabliert, die brusterhaltende operative Therapie; vielen Frauen konnte damit, unter voller Wahrung der onkologischen Sicherheit, die traumatische Erfahrung der Brustamputation erspart werden. Neben der Diagnostik und operativen Therapie des Mammakarzinoms erfuhr auch die systemische Therapie, im Wesentlichen endokrine Behandlungsmethoden und Chemotherapien, in den nächsten Jahren eine rasante Fortentwicklung. Eine weitere Optimierung stellten die im chirurgischen Bereich genutzten endoskopischen Verfahren dar.

Die jüngste Fokussierung der Forschung auf molekular- und mikrobiologische Forschung spiegelt sich am deutlichsten in dem aus dem ehemaligen Departement Forschung entstandenen Departement für Biomedizin, in dem heute 59 Forschergruppen im Bereich Immunologie, Neurobiologie, Onkologie sowie Stammzellen und Regenerative Medizin forschen.

Die andauernde Kooperation der Medizinischen Fakultät mit der Industrie, zeigt sich in zahlreichen Projekten, von denen hier nur zwei genannt werden sollen: Vorreiter in der Erfassung und Verwaltung relevanter Patientendaten wurde das Institut für Radio-Onkologie durch die Einführung und Weiterentwicklung eines 1981 im Institut integrierten Systems zur Erfassung und Verarbeitung aller onkologisch relevanten klinischen Daten. Dieses System wurde in enger Zusammenarbeit mit der Industrie entwickelt und erfasste bereits bis zum Ende des Jahres 1993 Daten von mehr als 12'000 Patienten (Rodars: Radiation Oncology Data Archiving and Retrieving System). An der Geriatrischen Klinik wurde durch die Beteiligung des Chefarztes an der longitudinalen BASLER-Studie, die seit 1958 bis heute im Gange ist, in Zusammenarbeit mit der pharmazeutischen Industrie die Entwicklung von chronischen Krankheiten erforscht. So gelang es, die Bedeutung der Ernährung für die Entwicklung von Herzkreislaufkrankheiten und Krebs zu charakterisieren. 

Fragen öffentlicher Gesundheit und Prävention kommen heute in der Fakultät eine besondere Rolle zu. Die in diesem Bereich arbeitenden Fächer sind im Departement for Public Health vereint. Eine europäische Vorreiterrolle im Bereich der universiätren Ausbildung von Pflegefachkräften spielt hier das Insitut für Pflegewissenschaft. Einen ähnlich neuen Weg beschreitet der Fachbereich Medzin- und Gesundheitsethik. 

Die Rolle der Medizinischen Fakultät im universitären und politischen Kontext
Neben diesen fachlichen Aspekten ist die Geschichte der Medizinischen Fakultät in jüngster Zeit aber auch geprägt von lokalen politischen Entwicklungen. Wie keine der anderen Fakultäten spielte sie und insbesondere die Finanzierung des klinischen Bereichs eine wichtige Rolle in der Reoragnisation der Universität in den letzten 20 Jahren. Das Ziel der Reorganisation der Universität bestand neben einer grösseren Autonomie in der partnerschaftlichen Trägerschaft durch die beiden Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft. Im März 1994 wurde der Universitätsvertrag von den beiden Kantonen unterschrieben, der mitunter auch die Leistungen des Kantons Basel-Landschaft an die klinische Lehre und Forschung der Universität Basel festlegte, insbesondere die Beteiligung der basellandschaftlichen Spitäler an der Klinikerausbildung. Mit diesem Vertrag verbunden war der Auftrag an die Fakultät, die Mittel für Lehre und Forschung aus dem Spitalbudget auszugrenzen und von der Dienstleistung getrennt auszuweisen. Das Universitätsgesetz vom 8.11.1995 und das Universitätsstatut vom 1.3.1996 regelten neu das Wahlverfahren für Professoren der klinischen Medizin durch Einführung jeweiliger paritätischer Struktur- und Wahlkommissionen mit Vertretern beider Kantone.