Am 4. Juni 1923 wurde die psychiatrische Poliklinik im Gebäude der allgemeinen (medizinischen) Poliklinik an der Hebelstrasse 1 eröffnet. Zur Verfügung stand zunächst lediglich ein einziger Raum, der mit dem Neurologen, Prof. Robert Bing, geteilt werden musste. An drei Nachmittagen der Woche wurden unentgeltliche Beratungsstunden von Ärzten der Psychiatrischen Klinik Friedmatt durchgeführt.

Die Eröffnung der Psychiatrischen Poliklinik entsprach damals einem grossen Bedürfnis: Eine ambulante Institution, die sich im Stadtzentrum befand, wo sich psychiatrische Patienten hinwenden konnten. Es muss angemerkt werden, dass damals in Basel kaum eine Handvoll Psychiater eine Privatpraxis hatten (um 1920 hatte Baselstadt eine Bevölkerung von ca. 140'000, ein knappes Jahrhundert später ca. 190'000). Heute aber praktizieren über 150 Psychiater in ihrer eigenen Praxis, ohne die Praxen der Psychologen mitgezählt zu haben.

Die Psychiatrische Poliklinik unterstand damals der Friedmattleitung. Diese hatte Prof. Gustav Wolff inne. Leiter der Poliklinik war Jakob Klaesi, der damals Oberarzt in der «Friedmatt» war. Klaesi war schon damals eine bekannte Persönlichkeit. Er verstand sich als Psychotherapeut, obschon er wissenschaftlich vor allem durch seine Therapie durch Dauernarkose mit Somnifen bei psychotischen Patienten bekannt wurde. Er hatte sich 1920 in Zürich habilitiert mit der Monografie «Das Wesen und die Bedeutung der Stereotypien». 1933 wurde er zum Direktor und als Ordinarius für Psychiatrie an die Psychiatrische Universitätsklinik Waldau nach Bern gewählt. 1950 und 1951 war er Rektor der Universität Bern. Er verstarb 1980 im Alter von 97 Jahren. In seinem wissenschaftlichen Werk werden Einflüsse von C.G. Jung und A. Mäder deutlich, während er Sigmund Freud eher kritisch-reserviert gegenüber stand. Auch der Einfluss Alfred Adlers ist nicht zu übersehen.

1926 übernahm Dr. Georg Stutz, noch nicht 30 Jahre alt, die Leitung der Psychiatrischen Poliklinik. Auch er war gleichzeitig Sekundararzt in der Friedmatt. 1932 wurde Stutz zum Chefarzt der Heil- und Pflegeanstalt Liestal gewählt.

Sein Nachfolger war Hans Binder, der die Basler Institution von 1932 bis 1942 leitete. Seine Neigungen galten nebst der Psychiatrie der Literatur, der Philosophie und der Musik. Er soll es zum konzertreifen Pianisten gebracht haben. 1932 habilitierte er sich in Basel mit einer Arbeit über den damals wenig bekannten Formdeuteversuch von Hermann Rorschach (sog. Rorschach-Test). Er schrieb auch eine als Pionierwerk geltende Arbeit „Das Verlangen nach Geschlechtsumwandlung“. Vor allem aber war Binder ein beliebter und hoch angesehener Experte in der forensischen Psychiatrie. Sein letztes grosses Gutachten verfasste er 1967 im Zusammenhang mit dem «Hexen- oder Teufelsaustreiber-Prozess» (mehrere Erwachsene hatten eine 17-Jährige zu Tode geprügelt). Das Gutachten umfasste mehr als 200 Seiten. 1942 wurde Binder Extraordinarius an der Basler Universität, und im gleichen Jahr wurde er zum Direktor der Psychiatrischen Klinik Rheinau berufen, die damals mit etwa 1200 Betten eine der grössten Psychiatrischen Kliniken in der Schweiz war. Er leitete sie bis zu seiner Pensionierung 1964.

1933 wurde die notdürftig in der Medizinischen Poliklinik untergebrachte Psychiatrische Poliklinik von der Hebelstrasse 1 in ein Wohnhaus am Petersgraben 1 verlegt. Anfänglich stand dort nur der 2. Stock zur Verfügung. Die unteren Räume waren noch von der Tuberkulose-Fürsorgestelle und der Eheberatung belegt. Der Umzug an den Petersgraben hatte zur Folge, dass mehrere Ärzte gleichzeitig Sprechstunden abhalten konnten. Diese günstigeren Voraussetzungen sowie der unermüdliche Einsatz Binders und seiner Mitarbeiter bewirkten, dass die Konsultationen und die Gesamtpatientenzahl in den darauf folgenden Jahren stark anstiegen. Während des 2. Weltkrieges musste die Psychiatrische Poliklinik allerdings zeitweise wegen Ärztemangels geschlossen werden. Nach dem Krieg stiegen die Gesamtpatientenzahl und die Konsultationszahl erneut massiv an, nachdem Assistenzärzte ausschliesslich in der Poliklinik eingesetzt wurden, also nicht wie zuvor gleichzeitig auch eine Tätigkeit in der Friedmatt ausüben mussten.

Nach Binders Wegzug aus Basel wurde Dr. Fred Singeisen mit der Leitung der Psychiatrischen Poliklinik betraut, die er von 1942-1945 innehatte. Später wurde er zum Direktor der Heil- und Pflegeanstalt Waldhaus bei Chur und danach zum Direktor der Psychiatrischen Klinik Will (SG) gewählt. Nach Singeisen leitete Dr. Jacobo Janner von 1960-67 die Basler Psychiatrische Poliklinik.

Basel war 1937 die erste europäische Universität, an der begonnen wurde, Psychohygiene zu lehren. Heinrich Meng erhielt zunächst ein Lektorat und dann 1943 ein Extraordinariat. 1956 wurde Gaetano Benedetti zu seinem Nachfolger gewählt. Er wurde später der psychiatrischen Poliklinik zugeordnet. Benedetti fand internationale Anerkennung für seine Bücher über Alkohol-Halluzinosen, die Psychodynamik der Zwangsneurose, ganz besonders aber für seine Forschungen auf dem Gebiet der Psychotherapie von Schizophrenie-Kranken. Besonders bekannt wurde sein Buch „Todeslandschaften der Seele“.

Erinnert sei auch an den Psychiater und Psychosomatiker Dieter Beck, Extraordinarius in Basel, der der Medizinischen Poliklinik zugeordnet war und 1980 im Alter von erst 45 Jahren im Basler Kantonsspital einem Gewaltverbrechen zum Opfer fiel.

Von 1968-1997 war Raymond Battegay Leiter der Psychiatrischen Universitätspoliklinik Basel. Bis 1977 gehörte diese administrativ zur Friedmatt, und ab Oktober 1977 wurde sie der administrativen Leitung des Kantonsspitals Basel unterstellt. Unter seiner Leitung wurde die Poliklinik stark ausgebaut. Zu Beginn des Jahres 1991 wurde eine ihr angegliederte Psychiatrische Kriseninterventionsstation eröffnet, die längst zuvor geplant und dringend notwendig war. Battegay, in Bern geboren und in Biel die ersten 7 Jahre aufgewachsen, hat in Basel die Schulen besucht und Medizin studiert. Es folgten Assistentenjahre an der Psychiatrischen Universitätsklinik Basel, der damals John Staehelin vorstand. Nach einem Jahr Tätigkeit in Innerer Medizin in der Nähe von Tel Aviv kehrte Battegay an die Basler Klinik zurück, wo er 1958 Oberarzt wurde. Unter der Leitung von Paul Kielholz habilitierte er sich 1962 an der Universität Basel mit der Arbeit «Gruppentherapie und klinische Psychiatrie». 1969 wurde er Extraordinarius und 1976 erhielt er ein persönliches Ordinariat. Von 1985–87 war er Dekan der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Sein umfangreiches wissenschaftliches Werk umfasst über 700 Publikationen, darunter 35 Bücher. Die Schwerpunkte seiner wissenschaftlichen Forschung betreffen die Gebiete Gruppenpsychotherapie, Neurosenlehre, medizinische Psychologie. Viel beachtete und weit verbreitete Bücher sind die über Aggression, Angst, Autodestruktion, Depression, Grenzsituationen, Gruppenpsychotherapie, Hungerkrankheiten, Narzissmus und Objektbeziehungen, um nur einige zu nennen. Er war auch Mitherausgeber eines Handwörterbuch der Psychiatrie.

1991 wurde eine Zweigstelle der Poliklinik im Haus der Volkszahnklinik am Claragraben 95 eröffnet, an der auch psychiatrische Langzeitpatienten ambulant behandelt und betreut werden. Die Leitung dieser Zweigstelle hatte von 1991-2000 PD Dr. Peter Keel inne, der vorwiegend auf dem Gebiet der Psychosomatik (Fibromyalgie, Chronifizierung von Rückenschmerzen) geforscht hat.

Von 1970-1999 war Udo Rauchfleisch als Leitender Psychologe in der Poliklinik tätig. Seit 1986 ist er Professor für Klinische Psychologie an der Universität Basel. Rauchfleisch ist Verfasser zahlreicher wissenschaftlicher Werke. Er publizierte u. a. zu den Themen Testpsychologie, Mensch und Musik, Dissozialität, Allgegenwart von Gewalt.

Benedettis Nachfolge trat 1990 Prof. Christian Reimer an, der nur kurze Zeit in Basel tätig war. Reimer wurde bekannt durch seine Forschungen auf dem Gebiet der Psychotherapie und der Suizidologie. 1993 wurde Joachim Küchenhoff zu seinem Nachfolger gewählt, der der psychiatrischen Universitätsklinik unterstellt wurde und sich wissenschaftlich mit der Krankheitsverarbeitungs-Forschung und der Psychotherapie-Forschung beschäftigte.

Ende der 60-er-Jahre wurde im Kantonsspital (damals «Bürgerspital») eine psychiatrische Oberarztstelle geschaffen für Konsilien, die auf den verschiedenen Abteilungen, speziell in der Inneren Medizin, benötigt wurden. Anfangs der 70-er-Jahre wurde dieser Konsiliar- und Liasondienst in die Psychiatrische Poliklinik integriert. Thomas Haenel leitete den Konsiliardienst von 1977-1985.

Nachdem Ende 1992 der langjährige und beliebte Chefarzt-Stellvertreter Dr. Theo Pfund altershalber von seinem Amt zurückgetreten war, wurde PD Dr. Hans Rudolf Wacker sein Nachfolger. Wacker beschäftigte sich wissenschaftlich besonders mit der Epidemiologie von Angststörungen und Depressionen sowie der Alkoholabhängigkeit und psychopharmakologischen Fragestellungen.

Seit Januar 1998 wird die Psychiatrische Poliklinik durch Professor Anita Riecher-Rössler geleitet. Sie ist Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie und Psychoanalytikerin und war mit ihrem Ruf an die Universität Basel 1998 die erste Frau, die in einem deutschsprachigen Land auf einen Lehrstuhl für Psychiatrie berufen wurde.
Sie wurde 1954 in Tübingen (D) geboren. Nach dem Studium in Heidelberg und London gewann sie ihre klinische und Forschungserfahrung in der Inneren Medizin und Neurologie in Heidelberg, in der Psychiatrischen Klinik und in der Psychosomatischen Klinik des Zentralinstituts für Seelische Gesundheit in Mannheim und am Institute of Psychiatry, London. Ihre psychoanalytische Ausbildung hat sie am Institut der DGPPN (Deutsche Gesellschaft für Psychoanalyse und Psychotherapie) in Heidelberg (D) absolviert.

Ihre Forschungsschwerpunkte sind zum einen Schizophrenie (v.a. die Früherkennung dieser Psychosen, die Spätschizophrenie und die Geschlechtsunterschiede bei Schizophrenie einschliesslich geschlechtsspezifischer Therapieansätze), zum anderen die Besonderheiten von psychischen Erkrankungen bei Frauen (u. a. der Einfluss von Östrogenen, aber auch von psychosozialen Risikofaktoren auf das psychische Befinden von Frauen). Sie hat zu diesen und anderen Themen zahlreiche Publikationen und Bücher verfasst bzw. herausgegeben.

Seit dem Amtsantritt von Anita Riecher-Rössler haben wesentliche Weiterentwicklungen der Psychiatrischen Poliklinik stattgefunden. So konnte 1998 die Ambulante Nachsorge Süd (ANS) der Psychiatrischen Universitätsklinik in die Leitung der Psychiatrischen Poliklinik überführt werden, womit die institutionelle ambulante Versorgung von Basel-Stadt in einer einzigen Institution zusammengefasst wurde. Dies ermöglichte eine Umstrukturierung und Modernisierung des ambulanten psychiatrischen Versorgungsangebots mit Schaffung von Schwerpunkten, störungsspezifischen und patientenzentrierten Angeboten. Es wurden verschiedene Spezialsprechstunden, Gruppentherapien und andere diagnostische und therapeutische Angebote etabliert. U. a. wurde eine Spezialsprechstunde zur Frühdiagnose von Psychosen eingerichtet – als Anlauf- und Beratungsstelle für Patienten und Patientinnen, bei denen der Verdacht auf eine beginnende Psychose besteht und bei denen eine frühe Diagnose und Behandlung viel Leid verhindern kann. Diese Beratungsstelle steht Betroffenen wie auch Angehörigen, Ärzten und anderen Interessierten zur Verfügung. Damit einhergehend wurden verschiedene neue Frühinterventionsangebote aufgebaut. Durch Psychoedukation und Verbesserung der Krankheitsbewältigung soll nicht nur die Betreuung der Langzeitpatienten mit schizophrenen Psychosen optimiert werden, sondern auch die der Ersterkrankten.
Neu konnten auch spezielle Angebote für psychisch kranke Mütter gemacht werden – von ambulanter Beratung, Einzel- und Gruppentherapie bis zur stationären Aufnahme mit ihren Säuglingen.
Der Bereich der transkulturellen Psychiatrie wurde ausgebaut, da die Anfrage nach psychiatrischer Abklärung und Behandlung bei Immigranten, Asylsuchenden und Flüchtlingen stark zunahm. Ihre Betreuung erfordert neben interkultureller Kompetenz auch profunde Kenntnisse und Fertigkeiten im Umgang mit Traumatisierungen, die diese Menschen durch Verfolgung und Krieg oft erlebt haben.

Auch die klinische Psychologie an der PUP konnte weiter ausgebaut und modernisiert werden. Die Leitung hat im April 2000 Prof. Dr. rer. nat. Rolf-Dieter Stieglitz übernommen, der im selben Jahr auf ein Extraordinariat für Klinische Psychologie an der Philosophisch-Historischen Fakultät der Universität Basel berufen wurde und 2005 eine Doppelprofessur an der Medizinischen Fakultät der Universität Basel erhielt. Er ist ausgebildet in Kognitiver Verhaltenstherapie, Gespächspsychotherapie sowie Integrativer Paar- und Familientherapie und ist Supervisor für Kognitive Verhaltenstherapie.
An der Psychiatrischen Poliklinik hat er am Ausbau durch Aquirierung neuer Mitarbeiter (PG-Psychologen etc.), am Ausbau und an der Modernisierung der Diagnostikmittel sowie am Aufbau störungsspezifischer Therapieprogramme mitgearbeitet, vor allem im Bereich schizophrener und depressiver Störungen sowie der Aufmerksamkeits-Defizit-Hyperaktivitäts-Störung (ADHS) im Erwachsenenalter. Schwerpunkte seiner klinischen Tätigkeit liegen des weiteren in der Diagnostik und Therapie des Transsexualismus, Forschungsschwerpunkte liegen im Bereich der Diagnostik und Therapie psychischer Störungen (Schwerpunkte: ADHS im Erwachsenenalter, Borderline-Persönlichkeitsstörungen).
Seit 2002 ist er auch im Leitungsgremium der PSP (Postgraduale Studiengänge in Psychologie) der Universität Basel.
Er hat zahlreiche Publikationen in nationalen und internationalen Fachzeitschriften zu den Themenbereichen Diagnostik und Therapie psychischer Störungen veröffentlicht und ist Autor bzw. Herausgeber zahlreicher Fachbücher und Testverfahren, sowie Mitherausgeber mehrerer Fachzeitschriften.

Die stellvertretende Chefarztposition versah von 2000-2005 Dr. Michael Struck als Nachfolger von PD Dr. Wacker, bis er zum Chefarzt der Fachklinik für psychosomatische Medizin und Psychotherapie (Höhenklinik Bischofsgrün) in Oberfranken (D) gewählt wurde.

Seit September 2005 hat PD Dr. med. Martin Hatzinger die stellvertretende Chefarzt-Position in der Psychiatrischen Poliklinik inne. Er hat eine breite klinische Aus- und Weiterbildung mit dem Erwerb zweier Facharzttitel (FMH Allgemeine Medizin und FMH Psychiatrie und Psychotherapie) aufzuweisen sowie eine langjährige wissenschaftliche Tätigkeit an der Psychiatrischen Universitätsklinik PUK Basel und am Max-Planck-Institut für Psychiatrie, München (D). Seine Habilitation erfolgte im Jahre 2005. Die Schwerpunkte seiner Forschung liegen auf den Gebieten Depression, Stress, Schlaf, sowie der neurobiologisch orientierten Prädiktionsforschung psychischer Störungen.

Seit 2001 hat Herr Dr. Roland Vauth die Nachfolge von PD Dr. Peter Keel als Leiter der Psychiatrischen Zweigstelle am Claragraben angetreten. Er ist Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie sowie Lehrsupervisor für Verhaltenstherapie an verschieden Lehrinstituten (FAVT/Freiburg, Klaus Grawe Institut/Zürich, sowie am Postgradualen Studiengang Psychotherapie der Universität Basel). Nach dem Studium der Psychologie an der Universität Bonn Mitarbeit an der Psychosomatischen Universitätsklinik Bonn als Verhaltenstherapeut und Studium der Humanmedizin an der Universität Bonn. Klinische und Forschungserfahrungen 1992-2001 an der Psychiatrischen Universitätsklinik Freiburg i.Br. zunächst als Assistent, später als Oberarzt. 2005 hat er an der Medizinischen Fakultät der Universität Basel habilitiert und wurde zum Privatdozenten ernannt. Seine Forschungsschwerpunkte liegen im Bereich der Entwicklung und Evaluation verhaltenstherapeutischer Ansätze bei schizophrenen Störungen, sowie der Entwicklung und Evaluation versorgungsverbessernder Maßnahmen. Er hat zu diesen Themen zahlreiche Publikationen und mehrere Bücher verfasst. Seine aktuellen Forschungsprojekte befassen sich mit motivationalen Grundlagen der Entwicklung von Behandlungsbereitschaft, sozialer Kognition und Behandlungsresistenz.

Seit 1999 arbeiten Psychiater der Psychiatrischen Poliklinik in der asim, Swiss Academy for Insurance Medicine (vormals MEDAS, Medizinische Abklärungsstelle), einer polydisziplinären Gutachtenstelle des Universitätsspitals mit.
2002 wurde - finanziert durch die Eidgenössische Invalidenversicherung Basel-Stadt - an der Psychiatrischen Universitätspoliklinik auch eine spezielle psychiatrische Gutachtenstelle zur mono- u. bidisziplinären Beurteilung von Rentenantragstellern geschaffen.

2004 wurde ein neues Kooperationsprojekt mit der Alkohol- und Suchtberatung Basel-Stadt gestartet, das die Mitarbeit eines PUP-Psychiaters und psychiatrische Supervision in der Alkohol- und Suchtberatung beinhaltet.

Heute (2008) umfasst die Psychiatrische Poliklinik eine grosse Ambulanz am Universitätsspital, eine Kriseninterventionsstation (KIS), zwei Zweigstellen (am Claragraben 95 und in der Mittleren Strasse 83) sowie eine IV-Gutachtenstelle.

Pro Jahr werden an der PUP über 3'000 Patienten und Patientinnen in ca. 25’000-28’000 Konsultationen betreut und ca. 1'500-1’700 Konsile auf den verschiedensten Abteilungen des USB durchgeführt. Auf der Kriseninterventionsstation werden jährlich ca. 600-700 Patienten behandelt. 2007 wurde auf dieser Station der 10'000ste Patient aufgenommen, was die hohe Akzeptanz dieser Einrichtung zeigt. Darüber hinaus werden jährlich ca. 500 z. T. polydisziplinäre psychiatrische Gutachten erstellt.