Die Infektiologie nimmt weltweit bereits mit den drei häufigsten Infektionskrankheiten mit Pandemiecharakter, d.h. der Tuberkulose, Malaria und HIV-Infektion, einen bedeutenden Platz ein und Infektionskrankheiten gehören zu den wichtigen klinischen Problemen. Fortschritte in der Entwicklung von Impfstoffen, die Verbesserung des hygienischen Standards, der Erkenntniszuwachs in der Infektions-Epidemiologie und die Entdeckung der Antibiotika haben immense Möglichkeiten der Diagnostik und Therapie erlaubt und einen spektakulären Rückgang der Morbidität und der Letalität der Infektionskrankheiten erwirkt.

Vom Konsiliardienst zur Klinik Infektiologie & Spitalhygiene
Am Kantonsspital Basel wurde 1983 erstmals ein infektiologischer Konsiliardienst eingerichtet, an dem ein internistischer Oberarzt mit infektiologischer Weiterbildung, ein klinischer Pharmakologe mit Spezialwissen im Bereich der Antibiotika, ein Infektiologe aus der Industrie und der Chefarzt des Departementes Innere Medizin teilnahmen. An den fünf Schweizer Universitäten wurden Abteilungen für Infektiologie zuerst in Genf und Lausanne 1972, in Zürich 1985, dann in Basel 1991 und später in Bern 1997 etabliert. 

Es war das Verdienst von Prof. Werner Stauffacher, Vorsteher des Departementes Innere Medizin, dass er 1989, basierend auf einem Strukturbericht beantragte, dass eine Schaffung einer Infrastruktur für die Bereiche Infektiologie-Spitalhygiene-Bakteriologie am Kantonsspital Basel nötig sei. Geleitet wurden diese verschiedenen Abteilungen damals durch PD Dr. Werner Zimmerli (Infektiologie), Dr. Andreas Widmer (Spitalhygiene) sowie Dr. Reno Frei (Mikrobiologie). Für Montag, 28. Januar 1991, 10.00 Uhr, lud Regierungsrat Remo Gysin «die Öffentlichkeit ein, Informationen über die Neukonzeption der Dienste in Infektiologie und Spitalhygiene am Kantonsspital Basel zu gewinnen». Prof. Werner Zimmerli leitete die Infektiologie bis 1999, gefolgt von Frau Prof. Ursula Flückiger bis März 2002 und von Prof. Manuel Battegay ab dem 1.4.2002. Seit dessen Pensionierung im Frühjar 2023 hat Frau Prof. Sarah Tschudin Sutter die Leitung als Chefärztin ad interim übernommen.

Erwähnt sei, dass bei der FMH 1992 der Antrag für die Schaffung eines Spezialarzttitels gestellt wurde, dem wegen der Opposition von Seiten der Internisten schliesslich erst am 24.9.1998 zugestimmt worden ist. Am Universitätsspital sind die infektiologischen Strukturen, d.h. die allgemeine Infektiologie, die HIV-Sprechstunde sowie die Spitalhygiene und das Forschungslabor im Departement Forschung am 1.1.2006 in einer neu strukturierten Klinik Infektiologie & Spitalhygiene, dem Bereich Medizin zugehörig, zusammengefasst, welche in Klinik, Lehre und Forschung sehr aktiv ist.

Arbeitsgebiete mit wachsenden Patientenzahlen
Die Zahl von Konsilien für stationäre Patienten nahm stetig zu: 144 im Jahr 1983, 1100 1993, 2100 1997 und 3210 im Jahre 2007. Im allgemein-infektiologischen Bereich betreffen die häufigsten klinischen Fragestellungen generalisierte Infektionen mit Bakterien, schwere Formen der Lungenentzündungen oder von Abszessen sowie Knocheninfektionen inklusive Protheseninfekte. Viele Infektionen sind schwer und betreffen abwehrgeschwächte Patienten. Vielfach ist die Betreuung interdisziplinär. Generell orientiert sich die hiesige Infektiologie am anglosächsischen Modell, das die konkrete ‹Bedside›-Mitbetreuung von Patienten beinhaltet, wo unmittelbare diagnostische und therapeutische Entscheide und Prozedere im Zentrum stehen. 

Mitte der achtziger Jahre wurde es unerlässlich, HIV-infizierte Patienten und AIDS-Kranke zu betreuen, weshalb im Rahmen der Medizinischen Universitätspoliklinik (MUP) sowie der Dermatologischen Universitätsklinik HIV-Patienten betreut wurden. Die HIV-Sprechstunde gewann mit der Gründung der Schweizerischen HIV-Kohortenstudie 1988 deutlich mehr an Kontur. Die HIV-Sprechstunde beinhaltet die Langzeitbetreuung von HIV-infizierten Menschen. Aufgrund der 1994 eingeführten potenten Therapien erfuhr die Prognose eine dramatische Wende zum Besseren. In dieser Zeitspanne wurden über 20 neue HIV-Medikamente eingeführt. Spitalhygienische Aufgaben umfassen hygienische und epidemiologische Tätigkeiten für das Universitätsspital und umliegende Spitäler sowie die Überwachung von im Spital erworbenen Infektionen oder der Überwachung der Resistenzlage. 

Aufgrund der Schwerpunktbildung, z.B. Transplantationen oder der zunehmenden Implantation von verschiedensten Fremdkörpern, haben sich im Lauf der Zeit Fragestellungen akzentuiert und an Komplexität zugenommen. Trotz der Entwicklung von sehr innovativen Medikamenten und der bewährten Palette an antimikrobiell wirksamen Substanzen ist aufgrund der Altersstruktur unserer Bevölkerung, der Reisetätigkeit sowie von neuen medizinischen Therapien mit Fremdkörpereinsätzen sowie vielfach immunsuppressiven Therapien zu erwarten, dass der Tätigkeit der Infektiologie und Spitalhygiene unterstützt durch die Mikrobiologie weiterhin grosse Bedeutung zukommen wird.